+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2z2r | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Nucleosome assembly proteins I (NAP-1, 74-365) | ||||||
要素 | Nucleosome assembly protein | ||||||
キーワード | CHAPERONE / Nucleosome Assembly Protein 1 (NAP1) / Histone chaperone | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein localization to cell division site after cytokinesis / Gin4 complex / cellular bud neck septin collar / somatic cell DNA recombination / budding cell bud growth / septin ring assembly / septum digestion after cytokinesis / nucleosome disassembly / NLS-bearing protein import into nucleus / cell division site ...protein localization to cell division site after cytokinesis / Gin4 complex / cellular bud neck septin collar / somatic cell DNA recombination / budding cell bud growth / septin ring assembly / septum digestion after cytokinesis / nucleosome disassembly / NLS-bearing protein import into nucleus / cell division site / positive regulation of microtubule polymerization / enzyme activator activity / cyclin binding / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / unfolded protein binding / nucleosome assembly / ribosomal small subunit biogenesis / histone binding / chromatin binding / chromatin / DNA binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Park, Y.J. / Luger, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008 タイトル: A beta-hairpin comprising the nuclear localization sequence sustains the self-associated states of nucleosome assembly protein 1 著者: Park, Y.J. / McBryant, S.J. / Luger, K. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2z2r.cif.gz | 110.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2z2r.ent.gz | 87.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2z2r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2z2r_validation.pdf.gz | 442.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 2z2r_full_validation.pdf.gz | 478.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2z2r_validation.xml.gz | 25.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2z2r_validation.cif.gz | 33.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/2z2r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/2z2r | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2ayuS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33879.812 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 74-365 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: NAP1 / プラスミド: pet28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: P25293 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.9 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 40% MPD, 0.1M sodium citrate, 0.2M ammonium acetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1.1 Å |
検出器 | 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 19761 / Num. obs: 17067 / % possible obs: 86.4 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14 |
反射 シェル | 最高解像度: 3.2 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 17067 / % possible all: 92 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2ayu 解像度: 3.2→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→50 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|