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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2z2o | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of apo virginiamycin B lyase from Staphylococcus aureus | ||||||
要素 | virginiamycin B lyase | ||||||
キーワード | LYASE / seven-bladed beta-propeller / antibiotic resistance / enzyme mechanism / virginiamycin B lyase / virginiamycin B hydrolase / streptogramin | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 carbon-oxygen lyase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / antibiotic catabolic process / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Korczynska, M. / Berghuis, A.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007 タイトル: Structural basis for streptogramin B resistance in Staphylococcus aureus by virginiamycin B lyase 著者: Korczynska, M. / Mukhtar, T.A. / Wright, G.D. / Berghuis, A.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2z2o.cif.gz | 264.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2z2o.ent.gz | 214.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2z2o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2z2o_validation.pdf.gz | 426.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2z2o_full_validation.pdf.gz | 442.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2z2o_validation.xml.gz | 26.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2z2o_validation.cif.gz | 45 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/2z2o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/2z2o | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33082.285 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: BM30002, pIP524 / 遺伝子: vgb, vgh / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q53744, UniProt: P17978*PLUS, 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ, 異性化酵素; 分子内リアーゼ; - #2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THIS SEQUENCE DERIVES FROM THE ORIGINAL GENE. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.59 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 50mM acetate buffer (pH 4.6), 25%(w/v) PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1.0999 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0999 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 86401 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.5 % / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 19.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Rsym value: 0.461 / % possible all: 93.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 2Z2N 解像度: 1.9→19.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 5.941 / SU ML: 0.09 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: The structure was refined also with CNS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.662 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.89 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.002 Å / Total num. of bins used: 10
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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