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Yorodumi- PDB-2z2o: Crystal Structure of apo virginiamycin B lyase from Staphylococcu... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2z2o | ||||||
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Title | Crystal Structure of apo virginiamycin B lyase from Staphylococcus aureus | ||||||
Components | virginiamycin B lyase | ||||||
Keywords | LYASE / seven-bladed beta-propeller / antibiotic resistance / enzyme mechanism / virginiamycin B lyase / virginiamycin B hydrolase / streptogramin | ||||||
Function / homology | Function and homology information carbon-oxygen lyase activity / Lyases; Carbon-oxygen lyases; Other carbon-oxygen lyases / antibiotic catabolic process / response to antibiotic / magnesium ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Staphylococcus aureus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Korczynska, M. / Berghuis, A.M. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / Year: 2007 Title: Structural basis for streptogramin B resistance in Staphylococcus aureus by virginiamycin B lyase Authors: Korczynska, M. / Mukhtar, T.A. / Wright, G.D. / Berghuis, A.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2z2o.cif.gz | 264.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2z2o.ent.gz | 214.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2z2o.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 2z2o_validation.pdf.gz | 426.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 2z2o_full_validation.pdf.gz | 442.7 KB | Display | |
Data in XML | 2z2o_validation.xml.gz | 26.3 KB | Display | |
Data in CIF | 2z2o_validation.cif.gz | 45 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/2z2o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/2z2o | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2z2nSC 2z2pC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 33082.285 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus (bacteria) / Strain: BM30002, pIP524 / Gene: vgb, vgh / Plasmid: pET15b / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q53744, UniProt: P17978*PLUS, Lyases; Carbon-oxygen lyases; Other carbon-oxygen lyases, Isomerases; Intramolecular lyases #2: Chemical | ChemComp-CL / #3: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | THIS SEQUENCE DERIVES FROM THE ORIGINAL GENE. | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.07 Å3/Da / Density % sol: 40.59 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 50mM acetate buffer (pH 4.6), 25%(w/v) PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 95 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X8C / Wavelength: 1.0999 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Feb 1, 2005 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0999 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. obs: 86401 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 4.5 % / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 19.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.97 Å / Redundancy: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Rsym value: 0.461 / % possible all: 93.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 2Z2N Resolution: 1.9→19.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 5.941 / SU ML: 0.09 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.142 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: The structure was refined also with CNS.
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 21.662 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→19.89 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.9→2.002 Å / Total num. of bins used: 10
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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