PDB-2z2n: Crystal Structure of selenomethionine substituted virginiamycin B...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2z2n

タイトル

Crystal Structure of selenomethionine substituted virginiamycin B lyase from Staphylococcus aureus

要素

virginiamycin B lyase

キーワード

LYASE / seven-bladed beta-propeller / antibiotic resistance / enzyme mechanism / virginiamycin B lyase / virginiamycin B hydrolase / streptogramin

機能・相同性

機能・相同性情報

carbon-oxygen lyase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / antibiotic catabolic process / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Korczynska, M. / Berghuis, A.M.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Structural basis for streptogramin B resistance in Staphylococcus aureus by virginiamycin B lyase
著者: Korczynska, M. / Mukhtar, T.A. / Wright, G.D. / Berghuis, A.M.

履歴

登録	2007年5月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2007年11月20日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2z2n.cif.gz	72.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2z2n.ent.gz	59 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2z2n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2z2n_validation.pdf.gz	406.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2z2n_full_validation.pdf.gz	417 KB	表示
XML形式データ	2z2n_validation.xml.gz	9.9 KB	表示
CIF形式データ	2z2n_validation.cif.gz	14.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/2z2n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/2z2n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2z2oC 2z2pC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2z2o-2 7kqq-1 5nuv-d 1eok-d 4ee7-2 4axk-1 7dh6-2 2z2o-4 6pg4-d 2we2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: virginiamycin B lyase

ヘテロ分子

33.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.970, 34.752, 86.601
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.86, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-416- HOH
2	1	A-418- HOH

#1: タンパク質	virginiamycin B lyase / Vgh protein / Hydrolase VgB 分子量: 33363.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: BM30002/pIP524 / 遺伝子: vgb, vgh / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q53744, UniProt: P17978*PLUS, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ, 異性化酵素; 分子内リアーゼ; -
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THIS SEQUENCE DERIVES FROM THE ORIGINAL GENE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.6 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100mM phosphate citrate buffer (pH 4.2), 15%(w/v) PEG 8000, 10-17%(v/v) PEG 500MME, 175mM NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 95 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X8C / 波長: 0.9000, 0.9798, 1.0600

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月1日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9	1
2	0.9798	1
3	1.06	1

反射

解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 29320 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 7.5 % / R_sym value: 0.038 / Net I/σ(I): 18.5

反射シェル

解像度: 1.65→1.75 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / R_sym value: 0.383 / % possible all: 78.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SnB		位相決定
BEAST		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.65→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 4.765 / SU ML: 0.08 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: The structure was refined also with CNS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20309	2747	9.9 %	RANDOM
R_work	0.15604	-	-	-
obs	0.16092	25084	93.28 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.205 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.18 Å²	0 Å²	-1.77 Å²
2-	-	-1.43 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2272	0	1	210	2483

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.025	0.022	2376
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2118
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.271	1.952	3248
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.125	3	4985
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.109	5	312
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.671	25.588	102
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.132	15	404
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.475	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.165	0.2	363
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2663
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	445
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.254	0.2	509
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.216	0.2	2343
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.192	0.2	1139
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.095	0.2	1448
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.252	0.2	157
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.207	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.255	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.38	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.656	1.5	1598
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.449	1.5	610
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.1	2	2423
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.291	3	1008
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.239	4.5	815
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.65→1.739 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.237	265	-
R_work	0.195	2930	-
obs	-	-	74.56 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	18.5046	0.2294	-23.4391	7.1429	6.4781	58.0334	-0.1622	0.9529	-0.3165	-0.222	-0.0971	-1.1203	0.405	-0.3492	0.2594	-0.1395	0.1012	-0.0972	0.1092	0.1415	0.1763	33.3802	2.027	16.9445
2	6.8367	0.1437	0.4989	3.4721	2.0112	6.7237	0.1276	-0.1311	-0.1605	0.6317	-0.073	-0.6572	0.253	0.3406	-0.0547	0.1057	-0.1071	-0.2532	-0.2625	0.1313	-0.412	20.1597	10.1026	31.1317
3	5.3326	1.1768	2.0934	5.2274	0.6838	3.4458	0.1001	-0.7485	0.2623	1.1615	-0.2888	-0.1916	-0.2248	-0.3155	0.1887	0.1491	-0.1018	0.0165	-0.0628	-0.0423	-0.3561	9.0711	16.0861	30.7058
4	2.8694	1.3373	1.0663	4.4909	0.4174	2.448	0.0987	-0.4615	0.2709	0.5327	-0.1958	0.4821	-0.124	-0.3947	0.0971	-0.0627	0.006	0.1224	0.0449	-0.0441	-0.0672	0.8567	15.9205	21.2423
5	0.7018	0.5238	0.4859	4.0264	0.2525	1.4554	0.0226	-0.0629	0.0657	0.0578	-0.0405	0.3576	-0.0706	-0.14	0.0179	-0.0826	0.0053	0.0133	-0.0117	0.0048	0.0119	2.7058	11.3452	9.882
6	0.9939	0.2786	0.0135	4.8808	-0.9501	0.6755	0.0375	0.074	-0.0687	-0.2337	-0.0156	0.0348	0.0757	0.051	-0.0219	-0.0442	0.0018	0.024	-0.0151	-0.0122	-0.0258	11.8294	4.4492	5.695
7	2.7705	0.77	-0.1192	6.7015	0.1008	3.2935	0.0857	-0.0524	-0.345	0.1174	-0.1098	-0.6701	0.2131	0.2722	0.0241	-0.1052	0.023	0.0195	-0.0115	0.0238	0.0443	22.2785	1.3576	10.3151
8	2.2452	3.1295	-0.8112	4.7678	-1.9101	9.0716	0.0851	0.1366	-0.1531	0.2749	-0.1628	-0.9076	0.2806	0.9253	0.0777	-0.0671	-0.0048	-0.1237	-0.0225	0.07	0.038	26.6769	5.6578	18.5274

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 8	2 - 8
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	17 - 59	17 - 59
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	60 - 101	60 - 101
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	102 - 143	102 - 143
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	144 - 185	144 - 185
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	186 - 227	186 - 227
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	228 - 269	228 - 269
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	270 - 294	270 - 294

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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