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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z22
タイトルCrystal structure of phosphate preplasmic binding protein psts from yersinia pestis
要素Periplasmic phosphate-binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / IMMUNE SYSTEM / ABC TRANSPORTER / PHOSPHATE PERIPLASMIC BINDING RECEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphate ion transmembrane transport / phosphate ion binding / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex
類似検索 - 分子機能
Phosphate ABC transporter, substrate-binding protein PstS / PBP superfamily domain / PBP domain / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Phosphate-binding protein PstS / Phosphate-binding protein PstS
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Tanabe, M. / Byrne, B. / Brown, K.A. / Mirza, O. / Bertland, T.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: Structures of OppA and PstS from Yersinia pestis indicate variability of interactions with transmembrane domains.
著者: Tanabe, M. / Mirza, O. / Bertrand, T. / Atkins, H.S. / Titball, R.W. / Iwata, S. / Brown, K.A. / Byrne, B.
履歴
登録2007年5月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Periplasmic phosphate-binding protein
A: Periplasmic phosphate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,6894
ポリマ－68,4992
非ポリマー1902
水13,493749
1
X: Periplasmic phosphate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3442
ポリマ－34,2491
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Periplasmic phosphate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3442
ポリマ－34,2491
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.930, 60.820, 78.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.14, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Periplasmic phosphate-binding protein / Putative phosphate-binding periplasmic protein


分子量: 34249.328 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-321 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: CO92 / プラスミド: PET24A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7CFM9, UniProt: A0A2U2H0D6*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 749 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, 22% PEG 10000, 10MM MAGNESIUM CHOLORIDE, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.488 / 波長: 1.488 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 42809 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2→2.06 Å / Rmerge(I) obs: 0.08 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS精密化
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→30 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.216 -
Rwork0.179 -
obs0.179 42809
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4848 0 10 749 5607
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0049
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.27

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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