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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2z15 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human Tob1 protein | ||||||
![]() | Protein Tob1 | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / human Tob1 protein / Phosphorylation / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / regulation of SMAD protein signal transduction / CCR4-NOT complex / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / SMAD binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / negative regulation of BMP signaling pathway / negative regulation of osteoblast differentiation / receptor tyrosine kinase binding / transcription corepressor activity ...negative regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / regulation of SMAD protein signal transduction / CCR4-NOT complex / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / SMAD binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / negative regulation of BMP signaling pathway / negative regulation of osteoblast differentiation / receptor tyrosine kinase binding / transcription corepressor activity / regulation of gene expression / negative regulation of translation / negative regulation of cell population proliferation / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Saito, K. / Kishishita, S. / Nishino, A. / Murayama, K. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of human Tob1 protein 著者: Saito, K. / Kishishita, S. / Nishino, A. / Murayama, K. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 114.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 90.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 454.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 460.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14636.484 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-117 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.79 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: 0.1M Sodium acetate trihydrate, 8% PEG4000, pH4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月6日 / 詳細: mirrors | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si II / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 30540 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.76 % / Biso Wilson estimate: 13.7 Å2 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 21.6 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.42 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.94 / Rsym value: 0.25 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.413 Å2 / ksol: 0.359178 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→47.44 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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