PDB-2z0a: Crystal structure of RNA-binding domain of NS1 from influenza A v...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2z0a

タイトル

Crystal structure of RNA-binding domain of NS1 from influenza A virus A/crow/Kyoto/T1/2004(H5N1)

要素

Nonstructural protein 1

キーワード

VIRAL PROTEIN / avian influenza / H5N1 / RNA-binding / NS1 / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host gene expression / host cell nucleus / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Saijo, S. / Kishishita, S. / Kamo-Uchikubo, T. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Ito, H. / Ito, T. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of RNA-binding domain of NS1 from influenza A virus A/crow/Kyoto/T1/2004(H5N1)
著者: Saijo, S. / Kishishita, S. / Kamo-Uchikubo, T. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Ito, H. / Ito, T. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2007年5月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年5月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2z0a.cif.gz	77.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2z0a.ent.gz	59.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2z0a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2z0a_validation.pdf.gz	474.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2z0a_full_validation.pdf.gz	477.1 KB	表示
XML形式データ	2z0a_validation.xml.gz	16.3 KB	表示
CIF形式データ	2z0a_validation.cif.gz	23.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/2z0a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/2z0a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ailS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2fsp-d 1kt9-d 2jzs-d 2g2c-d 4mpo-7 3vyj-d 1onb-d 5wq0-1 4gkf-1 3zxf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: ar_001000438.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nonstructural protein 1

B: Nonstructural protein 1

C: Nonstructural protein 1

D: Nonstructural protein 1

ヘテロ分子

35.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nonstructural protein 1

B: Nonstructural protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Nonstructural protein 1

D: Nonstructural protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.723, 54.378, 66.347
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.57, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Nonstructural protein 1 分子量: 8844.864 Da / 分子数: 4 / 断片: RNA-binding domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 属: Influenzavirus A / 株: A/crow/Kyoto/T1/2004(H5N1) / 遺伝子: NS1 / プラスミド: PX070216-21 / 発現宿主: Cell-free protein synthesis / 参照: UniProt: Q5H7I4, UniProt: Q5H7J4*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシンタイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅NO₂
#3: 化合物	ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸分子量: 118.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.95 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 0.1M SPG buffer pH 6.8, 25 % (w/v) PEG 1500, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月13日 / 詳細: rhodium coated mirror
放射	モノクロメーター: fixed exit double crystal monochrometer プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 22185 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 4 % / R_sym value: 0.066 / Net I/σ(I): 17.4
反射シェル	解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2033 / R_sym value: 0.274 / % possible all: 90.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
BSS		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AIL

1ail

解像度: 1.85→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 6.566 / SU ML: 0.104 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23828	1132	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17247	-	-	-
obs	0.17584	21044	97.74 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.504 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.42 Å²	0 Å²	-0.57 Å²
2-	-	-0.78 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2318	0	36	286	2640

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.021	2389
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1	1.981	3199
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.564	5	283
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.117	23.03	132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.977	15	450
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.684	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	346
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	1840
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	1250
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.293	0.2	1664
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	212
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.155	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.153	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.418	1.5	1490
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.672	2	2300
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.261	3	996
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.965	4.5	899
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.312	80	-
R_work	0.21	1416	-
obs	-	1496	88.31 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9308	0.6255	0.7945	1.8063	1.1209	4.7501	0.0798	-0.13	-0.0906	0.0761	-0.0335	0.0534	-0.0443	-0.2625	-0.0463	-0.0823	0.0126	-0.0033	-0.0849	-0.0011	-0.0484	3.5597	1.4131	32.7844
2	11.2547	-3.7263	6.3925	7.0715	-3.344	29.9206	-0.2053	-0.2581	0.566	0.0791	-0.0278	-0.1624	-1.0637	-0.2229	0.2331	0.0166	0.0289	0.0055	-0.0734	-0.0579	-0.0205	1.7999	10.77	33.114
3	5.2449	-1.2272	0.5044	10.4626	-1.5218	3.002	0.0135	0.0376	0.0736	0.1071	-0.125	0.4122	-0.1876	-0.5945	0.1115	-0.0553	0.0444	-0.0209	0.026	-0.0415	-0.0931	-3.9338	1.9597	24.5579
4	11.5186	-12.3656	6.1923	15.7544	-6.3819	6.3988	0.0901	-0.0228	-0.1743	0.2447	0.0765	0.0673	0.0695	-0.1475	-0.1666	-0.0663	-0.043	0.0029	-0.0562	-0.0275	-0.0483	6.7607	-13.2841	27.3482
5	3.4288	0.6893	-0.943	2.0047	1.3127	3.3509	0.1222	-0.2359	-0.1032	0.1613	0.0279	-0.1251	0.1154	-0.0339	-0.1501	-0.051	-0.0024	-0.0226	-0.086	0.0409	-0.0301	13.6523	-1.6068	37.8212
6	5.7263	-0.0086	5.4852	15.6033	-1.2409	9.5445	0.414	0.1832	-0.6369	-0.6402	-0.1466	-0.3369	1.213	-0.0118	-0.2674	0.0428	-0.0167	0.0529	-0.0304	-0.0273	-0.0081	12.0882	-4.8666	19.7942
7	3.5493	0.7616	4.3867	1.8547	0.6169	7.6852	-0.0781	0.0635	-0.0806	-0.1037	0.0476	-0.2559	-0.0134	0.3322	0.0305	-0.0625	-0.0027	0.0272	-0.0686	0.003	-0.0303	18.8694	3.9664	30.884
8	32.9402	9.4236	-3.9027	6.0952	-0.9169	3.159	-0.0068	-0.0354	-0.8786	0.2282	0.0216	-0.2483	0.3024	-0.1136	-0.0148	0.0436	0.001	-0.0066	-0.1091	0.03	-0.0157	10.4437	-9.915	39.2568
9	2.3732	-0.5632	2.0677	1.5786	-0.0886	3.5981	0.0237	0.0089	0.0262	0.0536	-0.048	0.0491	-0.0838	0.1182	0.0243	-0.0834	-0.0304	0.0309	-0.0513	0.0102	-0.0693	22.0293	-10.4232	6.1514
10	15.2589	-0.6688	14.2175	5.6706	-0.5313	23.4088	0.0014	-0.5441	-0.341	0.051	-0.0439	0.6155	0.1575	-0.838	0.0425	-0.0555	-0.0432	0.0351	-0.0247	0.045	-0.0151	16.3003	-15.522	11.362
11	2.6216	3.7465	-2.7744	5.3793	-4.1539	4.3525	0.1237	-0.1758	0.193	0.5683	-0.0543	0.3525	-0.4876	0.0506	-0.0694	0.0048	-0.0252	-0.0146	0.0415	0.0095	-0.0269	24.6405	-8.7393	17.9928
12	5.8408	0.6695	-8.425	7.6424	-3.977	22.5093	-0.1714	-0.0037	0.4492	-0.1968	-0.0509	-0.9442	-0.723	0.484	0.2224	0.0077	-0.1625	-0.0606	-0.0164	0.0538	0.0352	34.2135	-2.5455	4.5235
13	21.112	-7.526	-2.1931	24.2576	9.869	16.0006	-0.0298	0.7299	-0.7215	-0.6773	-0.5974	1.7919	-0.8572	-1.2945	0.6272	0.043	0.0704	-0.0535	0.0647	-0.0687	-0.0008	13.763	-11.8266	-10.0007
14	2.399	-0.2557	1.8417	2.3704	-0.533	4.485	0.0308	-0.0501	-0.0699	0.0252	-0.1137	-0.3059	-0.0271	0.4179	0.083	-0.1005	-0.0121	0.0334	0.0022	0.0194	-0.0228	31.8338	-15.7336	2.0172
15	4.6842	0.1479	4.9193	2.995	-0.8661	13.5317	0.1151	-0.1171	-0.225	-0.3115	-0.1518	-0.154	0.3203	-0.1056	0.0368	-0.0599	0.0118	0.051	-0.0698	-0.0254	-0.0225	24.7489	-22.1103	-7.2875
16	8.128	-9.2487	-4.0923	25.0363	11.5012	7.7957	-0.1775	0.219	-0.0391	-0.2806	0.3315	-0.2201	-0.2569	0.0822	-0.154	-0.0121	-0.0452	0.0362	-0.0331	0.0548	-0.0605	25.8963	-4.6437	-6.4096

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 36	8 - 43
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	37 - 42	44 - 49
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	43 - 63	50 - 70
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	64 - 72	71 - 79
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	2 - 19	9 - 26
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	20 - 30	27 - 37
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	31 - 53	38 - 60
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	54 - 72	61 - 79
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	C	0 - 36	7 - 43
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	C	37 - 44	44 - 51
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	C	45 - 59	52 - 66
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	C	60 - 71	67 - 78
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	D	1 - 7	8 - 14
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	D	8 - 37	15 - 44
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	D	38 - 52	45 - 59
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	D	53 - 72	60 - 79

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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