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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2z0a | ||||||
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タイトル | Crystal structure of RNA-binding domain of NS1 from influenza A virus A/crow/Kyoto/T1/2004(H5N1) | ||||||
要素 | Nonstructural protein 1 | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / avian influenza (鳥インフルエンザ) / H5N1 (H5N1亜型) / RNA-binding / NS1 / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Saijo, S. / Kishishita, S. / Kamo-Uchikubo, T. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Ito, H. / Ito, T. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of RNA-binding domain of NS1 from influenza A virus A/crow/Kyoto/T1/2004(H5N1) 著者: Saijo, S. / Kishishita, S. / Kamo-Uchikubo, T. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Ito, H. / Ito, T. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2z0a.cif.gz | 77.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2z0a.ent.gz | 59.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2z0a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/2z0a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/2z0a | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1ailS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8844.864 Da / 分子数: 4 / 断片: RNA-binding domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 属: Influenzavirus A / 株: A/crow/Kyoto/T1/2004(H5N1) / 遺伝子: NS1 / プラスミド: PX070216-21 発現宿主: Cell-free protein synthesis (無細胞タンパク質合成系) 参照: UniProt: Q5H7I4, UniProt: Q5H7J4*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-GLY / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.95 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 0.1M SPG buffer pH 6.8, 25 % (w/v) PEG 1500, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月13日 / 詳細: rhodium coated mirror |
放射 | モノクロメーター: fixed exit double crystal monochrometer プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 22185 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 17.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2033 / Rsym value: 0.274 / % possible all: 90.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1AIL 解像度: 1.85→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 6.566 / SU ML: 0.104 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.504 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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