ソフトウェア 名称 バージョン 分類 CNS1.1 精密化 HKL-2000データ削減 HKL-2000データスケーリング MOLREP位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : 2CWC解像度 : 1.7→50 Å / Rfactor Rfree error : 0.004 / Data cutoff high absF : 1221381.65 / Data cutoff low absF : 0 / Isotropic thermal model : RESTRAINED / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / 立体化学のターゲット値 : Engh & HuberRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.214 2870 10 % RANDOM Rwork 0.186 - - - obs 0.186 28809 99.3 % -
溶媒の処理 溶媒モデル : FLAT MODEL / Bsol : 40.3685 Å2 / ksol : 0.352741 e/Å3 原子変位パラメータ Biso mean : 16.2 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -1 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - 0.74 Å2 0 Å2 3- - - 0.26 Å2
Refine analyze Free Obs Luzzati coordinate error 0.2 Å 0.17 Å Luzzati d res low - 5 Å Luzzati sigma a 0.07 Å 0 Å
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.7→50 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 2178 0 2 203 2383
拘束条件 大きな表を表示 (4 x 19) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target X-RAY DIFFRACTION c_bond_d0.004 X-RAY DIFFRACTION c_bond_d_naX-RAY DIFFRACTION c_bond_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg1.1 X-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_protX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d19.3 X-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d0.75 X-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_mcbond_it1.09 1.5 X-RAY DIFFRACTION c_mcangle_it1.64 2 X-RAY DIFFRACTION c_scbond_it1.86 2 X-RAY DIFFRACTION c_scangle_it2.79 2.5
LS精密化 シェル 解像度 : 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error : 0.011 / Total num. of bins used : 6 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.227 460 9.9 % Rwork 0.189 4193 - obs - - 98.2 %
Xplor file Refine-ID Serial no Param file Topol file X-RAY DIFFRACTION 1 protein_rep.paramprotein.topX-RAY DIFFRACTION 2 water_rep.paramwater.topX-RAY DIFFRACTION 3 gd3.paramgd3.top