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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2yzq | ||||||
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タイトル | Crystal structure of uncharacterized conserved protein from Pyrococcus horikoshii | ||||||
![]() | Putative uncharacterized protein PH1780 | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / sheet/helix/sheet/sheet/helix / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | ![]() CBS-domain / CBS-domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Roll / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kanagawa, M. / Minami, Y. / Watanabe, N. / Yokoyama, S. / Kuramitsu, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of uncharacterized conserved protein from Pyrococcus horikoshii 著者: Kanagawa, M. / Minami, Y. / Watanabe, N. / Yokoyama, S. / Kuramitsu, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 67.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 48 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 742.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 748.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31951.623 Da / 分子数: 1 / 断片: residues in database 5-285 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-SAM / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.88 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 0.2M Lithium Sulfate, 30% PEG400, 0.1M Tris-HCl, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.63→50 Å / Num. obs: 73474 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 18.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.63→1.69 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.153 / Num. unique all: 6502 / % possible all: 84.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 73.7468 Å2 / ksol: 0.398704 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.63→29.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.63→1.73 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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