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- PDB-2yyk: Crystal structure of the mutant of HpaB (T198I, A276G, and R466H) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yyk
タイトルCrystal structure of the mutant of HpaB (T198I, A276G, and R466H)
要素4-hydroxyphenylacetate-3-hydroxylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structurome / RIKEN SPring-8 Center / oxygnase component / 4-hydroxyphenylacetate 3-monooxygenase / two-component flavin diffusible monooxygenase / mutant / unligand form
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxyphenylacetate 3-monooxygenase / 4-hydroxyphenylacetate 3-monooxygenase activity / phenylacetate catabolic process / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
4-HPA 3-monooxygenase large component, Deinococcus-type / 4-hydroxybutyryl-coa dehydratase, domain 1 / 4-hydroxybutyryl-coa dehydratase, domain 1 / HpaB/PvcC/4-BUDH / HpaB/PvcC/4-BUDH N-terminal / HpaB/PvcC/4-BUDH C-terminal / 4-hydroxyphenylacetate 3-hydroxylase C terminal / 4-hydroxyphenylacetate 3-hydroxylase N terminal / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 2 ...4-HPA 3-monooxygenase large component, Deinococcus-type / 4-hydroxybutyryl-coa dehydratase, domain 1 / 4-hydroxybutyryl-coa dehydratase, domain 1 / HpaB/PvcC/4-BUDH / HpaB/PvcC/4-BUDH N-terminal / HpaB/PvcC/4-BUDH C-terminal / 4-hydroxyphenylacetate 3-hydroxylase C terminal / 4-hydroxyphenylacetate 3-hydroxylase N terminal / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 2 / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 2 / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 3 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal and middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase-like, C-terminal / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Up-down Bundle / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / 4-hydroxyphenylacetate 3-monooxygenase oxygenase component
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Kim, S.-H. / Hisano, T. / Takeda, K. / Iwasaki, W. / Ebihara, A. / Miki, K.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structure of the Oxygenase Component (HpaB) of the 4-Hydroxyphenylacetate 3-Monooxygenase from Thermus thermophilus HB8
著者: Kim, S.-H. / Hisano, T. / Takeda, K. / Iwasaki, W. / Ebihara, A. / Miki, K.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of the oxygenase component (HpaB) of 4-hydroxyphenylacetate 3-monooxygenase from Thermus thermophilus HB8
著者: Kim, S.-H. / Miyatake, H. / Hisano, T. / Iwasaki, W. / Ebihara, A. / Miki, K.
履歴
登録2007年4月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxyphenylacetate-3-hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6436
ポリマ－54,3481
非ポリマー2955
水7,206400
1
A: 4-hydroxyphenylacetate-3-hydroxylase
ヘテロ分子

A: 4-hydroxyphenylacetate-3-hydroxylase
ヘテロ分子

A: 4-hydroxyphenylacetate-3-hydroxylase
ヘテロ分子

A: 4-hydroxyphenylacetate-3-hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,57324
ポリマ－217,3924
非ポリマー1,18120
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area27990 Å2
ΔGint-213 kcal/mol
Surface area61030 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)91.819, 99.612, 131.091
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 4-hydroxyphenylacetate-3-hydroxylase / 4-hydroxyphenylacetate 3-monooxygenase


分子量: 54348.020 Da / 分子数: 1 / 変異: T198I/A276G/R466H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / プラスミド: pET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5SJP8, EC: 1.14.13.3
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 400 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.4M 1,6-hexanediol, 0.1M sodium acetate, 25%(v/v) glycerol, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL45XU10.9
シンクロトロンSPring-8 BL45XU20.9100, 1.0714
検出器
タイプID検出器日付詳細
RIGAKU RAXIS V1IMAGE PLATE2002年3月8日mirrors
RIGAKU RAXIS V2IMAGE PLATE2002年3月1日mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1DiamondSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2DiamondMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91
20.911
31.07141
反射解像度: 1.6→41.53 Å / Num. all: 78027 / Num. obs: 78027 / 冗長度: 3.91 % / Biso Wilson estimate: 19.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 27.5
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / Rmerge(I) obs: 0.245 / Num. unique all: 7615

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHARP位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→41.53 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2035 3939 RANDOM
Rwork0.1947 --
all-79277 -
obs-78018 -
原子変位パラメータBiso mean: 18.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.05 Å20 Å20 Å2
2--3.755 Å20 Å2
3----1.705 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.18 Å0.18 Å
Luzzati d res low-30 Å
Luzzati sigma a0.1 Å0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→41.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3759 0 19 400 4178
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.85
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.6-1.70.25176300.23251267195
1.7-1.830.22386220.21331282195.1
1.83-2.020.22176820.19861293394.7
2.02-2.310.20486570.19221298994.5
2.31-2.910.1966340.18581310795.2
2.91-41.530.1917140.18631349794.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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