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万見
- PDB-1u8v: Crystal Structure of 4-Hydroxybutyryl-CoA Dehydratase from Clostr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u8v
タイトルCrystal Structure of 4-Hydroxybutyryl-CoA Dehydratase from Clostridium aminobutyricum: Radical catalysis involving a [4Fe-4S] cluster and flavin
要素Gamma-aminobutyrate metabolism dehydratase/isomerase
キーワードLYASE / ISOMERASE / alfa-helixes / beta-strands
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxybutanoyl-CoA dehydratase / 4-hydroxybutanoyl-CoA dehydratase activity / vinylacetyl-CoA Delta-isomerase / vinylacetyl-CoA delta-isomerase activity / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
4-hydroxybutyryl-coa dehydratase, domain 1 / 4-hydroxybutyryl-coa dehydratase, domain 1 / HpaB/PvcC/4-BUDH / HpaB/PvcC/4-BUDH N-terminal / HpaB/PvcC/4-BUDH C-terminal / 4-hydroxyphenylacetate 3-hydroxylase C terminal / 4-hydroxyphenylacetate 3-hydroxylase N terminal / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 2 / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 2 / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 3 ...4-hydroxybutyryl-coa dehydratase, domain 1 / 4-hydroxybutyryl-coa dehydratase, domain 1 / HpaB/PvcC/4-BUDH / HpaB/PvcC/4-BUDH N-terminal / HpaB/PvcC/4-BUDH C-terminal / 4-hydroxyphenylacetate 3-hydroxylase C terminal / 4-hydroxyphenylacetate 3-hydroxylase N terminal / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 2 / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 2 / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 3 / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal and middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase-like, C-terminal / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Up-down Bundle / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / IRON/SULFUR CLUSTER / 4-hydroxybutyryl-CoA dehydratase/vinylacetyl-CoA-Delta-isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium aminobutyricum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Martins, B.M. / Dobbek, H. / Cinkaya, I. / Buckel, W. / Messerschmidt, A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of 4-hydroxybutyryl-CoA dehydratase: radical catalysis involving a [4Fe-4S] cluster and flavin.
著者: Martins, B.M. / Dobbek, H. / Cinkaya, I. / Buckel, W. / Messerschmidt, A.
履歴
登録2004年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.52024年2月14日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE According to the authors the final electron density maps clearly indicated that Gly167 and ...SEQUENCE According to the authors the final electron density maps clearly indicated that Gly167 and Asp357 were wrongly assigned in the SWS entry. The electron density was clear for Asp at position 167 and for GLY at position 357.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gamma-aminobutyrate metabolism dehydratase/isomerase
B: Gamma-aminobutyrate metabolism dehydratase/isomerase
C: Gamma-aminobutyrate metabolism dehydratase/isomerase
D: Gamma-aminobutyrate metabolism dehydratase/isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,83712
ポリマ－218,2894
非ポリマー4,5498
水42,0832336
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area32450 Å2
ΔGint-242 kcal/mol
Surface area57500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.300, 130.200, 175.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Gamma-aminobutyrate metabolism dehydratase/isomerase


分子量: 54572.137 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Clostridium aminobutyricum (バクテリア)
参照: UniProt: P55792, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類, vinylacetyl-CoA Delta-isomerase
#2: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2336 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
解説: The number of unique observed reflections 563317 for the data collection and refinement refers to unmerged Friedel pairs. The value 296112 from the structure factor file refers to merged pairs.
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 4000, lithium sulfate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.90004,1.73652,1.74314
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月15日
放射モノクロメーター: Element LN2 cooled fixed-exit, Si(111) monochromator, Dynamically bendable mirror
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.900041
21.736521
31.743141
反射解像度: 1.6→58 Å / Num. obs: 563317 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.1 % / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Rsym value: 0.164 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
XDSデータ削減
SnB位相決定
SHARP位相決定
SHELX精密化
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→58 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Friedel pairs were used.
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.212 8769 random
Rwork0.163 --
obs0.165 563317 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15244 0 244 2336 17824
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.75

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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