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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2yxo | ||||||
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タイトル | Histidinol Phosphate Phosphatase complexed with Sulfate | ||||||
![]() | Histidinol phosphatase | ||||||
![]() | HYDROLASE / metal-dependent | ||||||
機能・相同性 | ![]() histidinol-phosphatase / histidinol-phosphatase activity / L-histidine biosynthetic process / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Omi, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Monofunctional Histidinol Phosphate Phosphatase from Thermus thermophilus HB8. 著者: Omi, R. / Goto, M. / Miyahara, I. / Manzoku, M. / Ebihara, A. / Hirotsu, K. | ||||||
履歴 |
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Remark 600 | HETEROGEN The FE ION is not identified to be FE(III) or FE(II). |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 120 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 93.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 454.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 458.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 30017.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 292分子 ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-FE / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.71 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 1.5 M ammonium sulfate 0.1 M Tris-HCl ph8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 81599 / % possible obs: 99 % / Biso Wilson estimate: 20.9 Å2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.5261 Å2 / ksol: 0.389721 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→38.85 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Total num. of bins used: 6
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