+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2yxh | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of mazG-related protein from Thermotoga maritima | ||||||
要素 | MazG-related protein | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / TM0360 / Left-handed superhelix fold / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 TTP catabolic process / UTP catabolic process / dTTP catabolic process / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / dATP catabolic process / dUTP catabolic process / dGTP catabolic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermotoga maritima (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Padmanabhan, B. / Bessho, Y. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of mazG-related protein from Thermotoga maritima 著者: Padmanabhan, B. / Bessho, Y. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2yxh.cif.gz | 64.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2yxh.ent.gz | 48.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2yxh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2yxh_validation.pdf.gz | 377.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 2yxh_full_validation.pdf.gz | 383.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2yxh_validation.xml.gz | 6.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2yxh_validation.cif.gz | 11.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/2yxh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/2yxh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
---|---|
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
単位格子 |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13705.542 Da / 分子数: 2 / 変異: L57MSE / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 株: MSB8 / プラスミド: pET-21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE3)-RIL-X / 参照: UniProt: Q9WYJ5 #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.48 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.4 詳細: 25% PEG3350, 0.2M MgAcetate, 0.1M Tris-HCl, pH8.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 0.97905, 0.90000, 0.97945 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
| ||||||||||||
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. all: 18461 / Num. obs: 18408 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.073 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.258 / Num. unique all: 1765 / % possible all: 98.8 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 7.62 / SU ML: 0.192 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.214 / ESU R Free: 0.188 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.63 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
|