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- PDB-2yxh: Crystal structure of mazG-related protein from Thermotoga maritima -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yxh
タイトルCrystal structure of mazG-related protein from Thermotoga maritima
要素MazG-related protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / TM0360 / Left-handed superhelix fold / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


TTP catabolic process / UTP catabolic process / dTTP catabolic process / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / dATP catabolic process / dUTP catabolic process / dGTP catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
NTP pyrophosphohydrolase MazG / : / NTP pyrophosphohydrolase MazG, putative catalytic core / MazG nucleotide pyrophosphohydrolase domain / MazG-like / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
MazG-related protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Padmanabhan, B. / Bessho, Y. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of mazG-related protein from Thermotoga maritima
著者: Padmanabhan, B. / Bessho, Y. / Yokoyama, S.
履歴
登録2007年4月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MazG-related protein
B: MazG-related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5086
ポリマ－27,4112
非ポリマー974
水4,125229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6170 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area11830 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)74.829, 56.788, 61.615
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-586-

HOH

21B-611-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 MazG-related protein


分子量: 13705.542 Da / 分子数: 2 / 変異: L57MSE / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: MSB8 / プラスミド: pET-21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE3)-RIL-X / 参照: UniProt: Q9WYJ5
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: 25% PEG3350, 0.2M MgAcetate, 0.1M Tris-HCl, pH8.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 0.97905, 0.90000, 0.97945
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979051
20.91
30.979451
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 18461 / Num. obs: 18408 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.073
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.258 / Num. unique all: 1765 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 7.62 / SU ML: 0.192 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.214 / ESU R Free: 0.188 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26312 930 5.1 %RANDOM
Rwork0.21205 ---
obs0.21472 17330 99.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.66 Å20 Å20 Å2
2--6.15 Å20 Å2
3----2.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1871 0 4 229 2104
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.030.0221942
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1861.9832625
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0755240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.79125.60491
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.07215408
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.4281512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1490.2300
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021406
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2640.21107
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3310.21385
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2050.2183
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1830.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2170.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2820.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6591.51220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.55821887
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.8393866
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.8834.5733
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 66 -
Rwork0.318 1222 -
obs--98.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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