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- PDB-2yx4: Crystal Structure of T134A of ST1022 from Sulfolobus tokodaii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yx4
タイトルCrystal Structure of T134A of ST1022 from Sulfolobus tokodaii
要素150aa long hypothetical transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / Transcriptional regulator / Lrp/AsnC family binding / ST1022 / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


response to amino acid / sequence-specific DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Lrp/AsnC effector binding domain/regulation of amino acid metabolism (RAM) domain / AsnC-type HTH domain profile. / AsnC-type HTH domain / Transcription regulator AsnC-like / helix_turn_helix ASNC type / Transcription regulator AsnC/Lrp, ligand binding domain / Lrp/AsnC ligand binding domain / Winged helix-turn-helix DNA-binding / ArsR-like helix-turn-helix domain / Dimeric alpha-beta barrel ...Lrp/AsnC effector binding domain/regulation of amino acid metabolism (RAM) domain / AsnC-type HTH domain profile. / AsnC-type HTH domain / Transcription regulator AsnC-like / helix_turn_helix ASNC type / Transcription regulator AsnC/Lrp, ligand binding domain / Lrp/AsnC ligand binding domain / Winged helix-turn-helix DNA-binding / ArsR-like helix-turn-helix domain / Dimeric alpha-beta barrel / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTAMINE / Glutamine receptor protein / :
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus tokodaii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kumarevel, T.S. / Karthe, P. / Nakano, N. / Shinkai, A. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of glutamine receptor protein from Sulfolobus tokodaii strain 7 in complex with its effector L-glutamine: implications of effector binding in molecular association and DNA binding
著者: Kumarevel, T.S. / Nakano, N. / Ponnuraj, K. / Gopinath, S.C.B. / Sakamoto, K. / Shinkai, A. / Kumar, P.K.R. / Yokoyama, S.
履歴
登録2007年4月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 150aa long hypothetical transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6393
ポリマ－17,4681
非ポリマー1702
水1,74797
1
A: 150aa long hypothetical transcriptional regulator
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,11124
ポリマ－139,7488
非ポリマー1,36416
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation5_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation6_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
Buried area32700 Å2
ΔGint-207 kcal/mol
Surface area51410 Å2
手法PISA
2
A: 150aa long hypothetical transcriptional regulator
ヘテロ分子

A: 150aa long hypothetical transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2786
ポリマ－34,9372
非ポリマー3414
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area5540 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area15590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.999, 103.999, 74.587
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2001-

MG

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要素

#1: タンパク質 150aa long hypothetical transcriptional regulator / ST1022


分子量: 17468.447 Da / 分子数: 1 / 変異: T134A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus tokodaii (古細菌) / 遺伝子: ST1022 / プラスミド: BL21(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q972W6, UniProt: F9VNT4*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-GLN / GLUTAMINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 146.144 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10N2O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.37 %
Preparation: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 20% PPG P400, 30% i-PrOH, 70mM Na3 Citrate, Hexamine cobalt(III)trichloride, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 180 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月7日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 26879 / Num. obs: 26879 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 16.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Num. unique all: 2665 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
BSSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2E7W

2e7w


解像度: 2→19.73 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 2260571.26 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 760 5.4 %RANDOM
Rwork0.251 ---
obs0.251 26879 99.8 %-
all-26879 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.2428 Å2 / ksol: 0.335601 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 43.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.2 Å20 Å20 Å2
2---7.2 Å20 Å2
3---14.41 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1231 0 11 97 1339
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.68
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.531.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.412
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.242
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.352.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.032 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 139 6.1 %
Rwork0.333 2149 -
obs--99.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3dna-rna_rep.paramdna-rna_rep.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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