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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2yx4 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of T134A of ST1022 from Sulfolobus tokodaii | ||||||
![]() | 150aa long hypothetical transcriptional regulator | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION REGULATOR / Transcriptional regulator / Lrp/AsnC family binding / ST1022 / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kumarevel, T.S. / Karthe, P. / Nakano, N. / Shinkai, A. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of glutamine receptor protein from Sulfolobus tokodaii strain 7 in complex with its effector L-glutamine: implications of effector binding in molecular association and DNA binding 著者: Kumarevel, T.S. / Nakano, N. / Ponnuraj, K. / Gopinath, S.C.B. / Sakamoto, K. / Shinkai, A. / Kumar, P.K.R. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 46.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 32.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 440.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 441.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 8||||||||
2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17468.447 Da / 分子数: 1 / 変異: T134A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-GLN / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.37 % Preparation: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS. |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 20% PPG P400, 30% i-PrOH, 70mM Na3 Citrate, Hexamine cobalt(III)trichloride, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 180 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月7日 |
放射 | モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. all: 26879 / Num. obs: 26879 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 16.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Num. unique all: 2665 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2E7W 解像度: 2→19.73 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 2260571.26 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.2428 Å2 / ksol: 0.335601 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→19.73 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.032 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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