[日本語] English
万見
- PDB-2yx1: Crystal structure of M.jannaschii tRNA m1G37 methyltransferase -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yx1
タイトルCrystal structure of M.jannaschii tRNA m1G37 methyltransferase
要素Hypothetical protein MJ0883
キーワードTRANSFERASE / methyl transferase / trna modification enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA methyltransferase activity / tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / tRNA N1-guanine methylation / tRNA methylation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #2580 / tRNA methyltransferase 5, N-terminal / tRNA methyltransferase 5 N-terminal domain / Met-10+ protein-like domains / : / : / TYW2 N-terminal domain / SAM-dependent methyltransferase TRM5/TYW2-type / SAM-dependent methyltransferase TRM5/TYW2-type domain profile. / TRM5/TYW2 methyltransferase domain ...Alpha-Beta Plaits - #2580 / tRNA methyltransferase 5, N-terminal / tRNA methyltransferase 5 N-terminal domain / Met-10+ protein-like domains / : / : / TYW2 N-terminal domain / SAM-dependent methyltransferase TRM5/TYW2-type / SAM-dependent methyltransferase TRM5/TYW2-type domain profile. / TRM5/TYW2 methyltransferase domain / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Vaccinia Virus protein VP39 / Alpha-Beta Plaits / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SINEFUNGIN / tRNA (guanine(37)-N(1))-methyltransferase Trm5b
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Goto-Ito, S. / Ito, T. / Ishii, R. / Bessho, Y. / Yokoyama, S.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of archaeal tRNA(m(1)G37)methyltransferase aTrm5.
著者: Goto-Ito, S. / Ito, T. / Ishii, R. / Muto, Y. / Bessho, Y. / Yokoyama, S.
履歴
登録2007年4月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein MJ0883
B: Hypothetical protein MJ0883
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,93614
ポリマ－78,5192
非ポリマー1,41712
水4,558253
1
A: Hypothetical protein MJ0883
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9036
ポリマ－39,2601
非ポリマー6435
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Hypothetical protein MJ0883
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0338
ポリマ－39,2601
非ポリマー7747
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Hypothetical protein MJ0883
ヘテロ分子

B: Hypothetical protein MJ0883
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,93614
ポリマ－78,5192
非ポリマー1,41712
水362
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation2_656-x+1,y+1/2,-z+11
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1090 Å2
ΔGint-233.4 kcal/mol
Surface area31850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.000, 69.790, 87.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.07, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein MJ0883 / methyl transferase


分子量: 39259.527 Da / 分子数: 2 / 断片: 2.1.1.31 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
プラスミド: pET28c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q58293
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SFG / SINEFUNGIN / ADENOSYL-ORNITHINE / シネフンギン


分子量: 381.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N7O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M sodium cacodylate, 7.5% PEG 3350, 5% PEGMME 550, 0.02M Hepes pH 7.50, 0.002M zinc sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 0.97934, 0.97942, 0.96418
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月5日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979341
20.979421
30.964181
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 36694 / % possible obs: 96.8 % / Biso Wilson estimate: 28 Å2 / Rsym value: 0.105 / Net I/σ(I): 21.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / % possible obs: 72.6 % / Rmerge(I) obs: 0.504 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 72.6

-
解析

ソフトウェア名称: CNS / バージョン: 1.1 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→47.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1279276.81 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 1840 5 %RANDOM
Rwork0.224 ---
obs0.224 36563 96.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.6419 Å2 / ksol: 0.337142 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 46.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.44 Å20 Å22.89 Å2
2---7.38 Å20 Å2
3---3.95 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5168 0 64 253 5485
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it4.411.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.652
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it6.542
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it8.092.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 260 5 %
Rwork0.286 4902 -
obs--82.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3sfg_C2-endo.paramsfg_C2-endo.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る