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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ywl | ||||||
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タイトル | Crystal structure of thioredoxin reductase-related protein TTHA0370 from Thermus thermophilus HB8 | ||||||
![]() | Thioredoxin reductase related protein | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Uncharacterized conserved protein / Rossmann fold / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | ![]() thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / cell redox homeostasis / nucleotide binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ebihara, A. / Yokoyama, S. / Kuramitsu, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of thioredoxin reductase-related protein TTHA0370 from Thermus thermophilus HB8 著者: Ebihara, A. / Yokoyama, S. / Kuramitsu, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 89.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 66.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 937.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 941.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2cvjS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19246.701 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: HB8 / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.48 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2M Magnesium chloride, 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月24日 |
放射 | モノクロメーター: SI Double-Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 44575 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 14.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 36.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.253 / Mean I/σ(I) obs: 6.74 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2CVJ 解像度: 1.6→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1314775.16 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 38.455 Å2 / ksol: 0.376789 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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