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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ywj | ||||||
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タイトル | Crystal structure of uncharacterized conserved protein from Methanocaldococcus jannaschii | ||||||
要素 | Glutamine amidotransferase subunit pdxT | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Uncharacterized conserved protein / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pyridoxine metabolic process / vitamin B6 biosynthetic process / glutaminase complex / pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) / pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) activity / pyridoxal phosphate biosynthetic process / glutamine catabolic process / glutaminase / glutaminase activity / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Manzoku, M. / Ebihara, A. / Yokoyama, S. / Kuramitsu, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: to be published タイトル: Crystal structure of uncharacterized conserved protein from Methanocaldococcus jannaschii 著者: Manzoku, M. / Ebihara, A. / Yokoyama, S. / Kuramitsu, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ywj.cif.gz | 50.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ywj.ent.gz | 35.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ywj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2ywj_validation.pdf.gz | 407.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2ywj_full_validation.pdf.gz | 408.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2ywj_validation.xml.gz | 10.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2ywj_validation.cif.gz | 14.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yw/2ywj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yw/2ywj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20627.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 株: DSM 2661 / プラスミド: pET-21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q59055, EC: 2.6.-.- |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.26 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG400, 100MM HEPES, 30% 1,2-propanediol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月9日 |
放射 | モノクロメーター: SI Double-Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 13130 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 9.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 22.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.261 / Mean I/σ(I) obs: 7.44 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→33.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1093376 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.452 Å2 / ksol: 0.339247 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→33.51 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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