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- PDB-2yvh: Crystal structure of the operator-binding form of the multi-drug ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yvh
タイトルCrystal structure of the operator-binding form of the multi-drug binding transcriptional repressor CgmR
要素
  • 5'-D(*DGP*DGP*DTP*DCP*DGP*DGP*DTP*DAP*DCP*DAP*DGP*DTP*DTP*DA)-3'
  • 5'-D(*DTP*DAP*DAP*DCP*DTP*DGP*DTP*DAP*DCP*DCP*DGP*DAP*DCP*DC)-3'
  • Transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Protein-DNA complex / helix-turn-helix / TetR-family / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


TetR transcriptional regulator CgmR-like, C-terminal domain / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Itou, H. / Shirakihara, Y. / Tanaka, I.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal Structures of the Multidrug Binding Repressor Corynebacteriumglutamicum CgmR in Complex with Inducers and with an Operator
著者: Itou, H. / Watanabe, N. / Yao, M. / Shirakihara, Y. / Tanaka, I.
履歴
登録2007年4月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年1月11日Group: Other
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator
B: Transcriptional regulator
C: Transcriptional regulator
D: Transcriptional regulator
E: 5'-D(*DTP*DAP*DAP*DCP*DTP*DGP*DTP*DAP*DCP*DCP*DGP*DAP*DCP*DC)-3'
F: 5'-D(*DGP*DGP*DTP*DCP*DGP*DGP*DTP*DAP*DCP*DAP*DGP*DTP*DTP*DA)-3'
G: 5'-D(*DTP*DAP*DAP*DCP*DTP*DGP*DTP*DAP*DCP*DCP*DGP*DAP*DCP*DC)-3'
H: 5'-D(*DGP*DGP*DTP*DCP*DGP*DGP*DTP*DAP*DCP*DAP*DGP*DTP*DTP*DA)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,0118
ポリマ－99,0118
非ポリマー00
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15750 Å2
ΔGint-106.5 kcal/mol
Surface area37430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.011, 80.095, 87.056
Angle α, β, γ (deg.)108.98, 102.25, 96.14
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MSE / Beg label comp-ID: MSE / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 8 - 171 / Label seq-ID: 8 - 171

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21CC
12BB
22DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質
Transcriptional regulator / Bacterial regulatory protein / TetR family


分子量: 20472.551 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
株: ATCC13032 / 遺伝子: cgl2612 / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8NMG3
#2: DNA鎖 5'-D(*DTP*DAP*DAP*DCP*DTP*DGP*DTP*DAP*DCP*DCP*DGP*DAP*DCP*DC)-3'


分子量: 4224.768 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Sequence found in the C.glutamicum genome.
#3: DNA鎖 5'-D(*DGP*DGP*DTP*DCP*DGP*DGP*DTP*DAP*DCP*DAP*DGP*DTP*DTP*DA)-3'


分子量: 4335.826 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Sequence found in the C.glutamicum genome.
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.05M Tris-HCl, 0.1M CaCl2, 4% PEG 400, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Tris-HCl11
2CaCl211
3PEG 40011
4HOH11
5CaCl212
6PEG 40012
7HOH12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 0.97909 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月10日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97909 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→100 Å / Num. all: 32512 / Num. obs: 32512 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): -3 / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 46.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Num. unique all: 3252 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 10.039 / SU ML: 0.225 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.757 / ESU R Free: 0.31 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25854 1595 5 %RANDOM
Rwork0.22023 ---
obs0.22213 30388 98.23 %-
all-31983 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 53.419 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.53 Å2-0.32 Å2-3.16 Å2
2---1.41 Å2-0.8 Å2
3----1.05 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a-0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5530 1136 0 3 6669
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0216926
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1652.1859656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4985682
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.88324.118272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.50415982
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3371540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.21108
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024856
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2530.23044
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3160.24511
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2030.2205
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2440.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.290.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0971.53533
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.80925574
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.42234235
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6264.54082
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / 数: 1323 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.290.5
2Bmedium positional0.270.5
1Amedium thermal0.882
2Bmedium thermal0.872
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.561 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 124 -
Rwork0.32 2072 -
obs-2072 96.36 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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