PDB-2yvf: Crystal structure of ferredoxin reductase BPHA4 (hydroquinone)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2yvf

タイトル

Crystal structure of ferredoxin reductase BPHA4 (hydroquinone)

要素

Ferredoxin reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / FLAVOPROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Senda, T. / Senda, M.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Molecular Mechanism of the Redox-dependent Interaction between NADH-dependent Ferredoxin Reductase and Rieske-type [2Fe-2S] Ferredoxin
著者: Senda, M. / Kishigami, S. / Kimura, S. / Fukuda, M. / Ishida, T. / Senda, T.

履歴

登録	2007年4月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2yvf.cif.gz	96.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2yvf.ent.gz	72.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2yvf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2yvf_validation.pdf.gz	1008.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2yvf_full_validation.pdf.gz	1015.1 KB	表示
XML形式データ	2yvf_validation.xml.gz	19.4 KB	表示
CIF形式データ	2yvf_validation.cif.gz	28 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/2yvf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/2yvf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2e4pC 2e4qC 2gqwC 2gr0C 2yvgC 2yvjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4h4q-1 4h4p-1 2gr3-1 2gr0-1 4h50-1 4h4x-1 4h4v-1 4h4z-1 2gr2-1 4h4u-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (3) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (3) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Ferredoxin reductase

ヘテロ分子

44.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ferredoxin reductase

ヘテロ分子

A: Ferredoxin reductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
89.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.597, 97.597, 169.463
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	Ferredoxin reductase / ferredoxin reductase BPHA4 分子量: 43221.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas sp. (バクテリア) / 株: strain KKS102 / 遺伝子: bphA4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q52437, ferredoxin-NADP+ reductase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#4: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: 2M SODIUM FORMATE, 0.1M SODIUM ACETATE, pH 5.40, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 0.9792
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月17日
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→15 Å / Num. obs: 60816 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.6 % / R_merge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 21.54
反射シェル	解像度: 1.6→1.68 Å / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.685 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 94.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XTALVIEW		精密化
REFMAC	5.2.0005	精密化
ADSC		データ収集
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 1.6→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 3.191 / SU ML: 0.057 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.214	3036	5 %	RANDOM
R_work	0.188	-	-	-
obs	0.189	57683	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.59 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.36 Å²	-0.18 Å²	0 Å²
2-	-	-0.36 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2963	0	112	207	3282

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	3150
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.42	2.013	4303
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.308	5	406
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.699	22.927	123
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.823	15	459
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.397	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	506
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2383
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	1509
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.309	0.2	2154
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	246
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.239	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.212	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.754	1.5	2051
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.168	2	3200
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.978	3	1225
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.128	4.5	1100
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.278	214	-
R_work	0.236	4065	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.915	-0.3452	0.2959	1.1533	0.3312	0.8661	-0.0638	-0.1165	0.0485	0.0985	0.0614	0.0157	0.0104	-0.0711	0.0023	-0.0099	0.0227	0.0124	-0.0714	-0.0288	-0.0508	53.7232	12.2057	11.8856
2	1.8389	0.3429	0.4977	1.1924	-0.1769	1.5223	-0.2168	0.4036	0.0919	-0.0086	0.1102	-0.1884	-0.1985	0.4242	0.1066	-0.0614	-0.1055	0.0029	0.0613	-0.0214	-0.0099	80.7813	20.5414	5.2311
3	2.3892	0.0332	-0.5896	2.984	2.0536	5.773	-0.068	-0.3527	0.061	0.5146	0.0327	-0.1661	0.169	0.142	0.0353	0.0301	0.0566	-0.0956	-0.0764	-0.0452	-0.0795	74.7315	20.0001	32.9383
4	2.8291	-0.2564	1.9814	1.2238	0.0635	1.726	-0.1136	0.1628	0.0872	0.0166	0.179	-0.0264	-0.1547	0.1745	-0.0653	0.0247	0.0233	-0.0086	-0.0223	-0.0455	-0.0058	63.4276	12.9234	9.4269
5	28.0541	12.2187	0.8656	17.7879	-5.1221	2.4525	-0.1247	-0.6856	-0.4048	0.6533	0.0687	-0.8159	-0.7437	0.1934	0.056	0.1757	-0.0285	-0.0099	0.1214	-0.009	0.155	71.7538	22.8228	10.5559

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	6 - 111	6 - 111
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	238 - 317	238 - 317
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	112 - 237	112 - 237
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	318 - 406	318 - 406
5	X-RAY DIFFRACTION	4	A	B	1449	1
6	X-RAY DIFFRACTION	5	A	C	1500	1

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)