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- PDB-2yva: Crystal structure of Escherichia coli DiaA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yva
タイトルCrystal structure of Escherichia coli DiaA
要素DnaA initiator-associating protein diaA
キーワードDNA BINDING PROTEIN / intermolecular disulfide bonding / putative phosphosugar binding protein / DnaA binding protein / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


DnaA-DiaA complex / carbohydrate derivative metabolic process / carbohydrate derivative binding / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA replication / protein homodimerization activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
DnaA initiator-associating protein / GmhA/DiaA / : / SIS domain / SIS domain / SIS domain profile. / SIS domain superfamily / Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DnaA initiator-associating protein DiaA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Keyamura, K. / Fujikawa, N. / Ishida, T. / Ozaki, S. / Suetsugu, M. / Kagawa, W. / Yokoyama, S. / Kurumizaka, H. / Katayama, T. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2007
タイトル: The interaction of DiaA and DnaA regulates the replication cycle in E. coli by directly promoting ATP DnaA-specific initiation complexes
著者: Keyamura, K. / Fujikawa, N. / Ishida, T. / Ozaki, S. / Suetsugu, M. / Fujimitsu, K. / Kagawa, W. / Yokoyama, S. / Kurumizaka, H. / Katayama, T.
履歴
登録2007年4月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DnaA initiator-associating protein diaA
B: DnaA initiator-associating protein diaA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2562
ポリマ－42,2562
非ポリマー00
水4,035224
1
A: DnaA initiator-associating protein diaA
B: DnaA initiator-associating protein diaA

A: DnaA initiator-associating protein diaA
B: DnaA initiator-associating protein diaA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,5124
ポリマ－84,5124
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area13400 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area26240 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)71.357, 81.210, 67.409
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.33, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 DnaA initiator-associating protein diaA / putative phosphoheptose isomerase / DiaA (YraO)


分子量: 21128.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: diaA(YraO) / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P66817
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: PEG4000, Dioxane, citrate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月13日 / 詳細: monochromator
放射モノクロメーター: Si-111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 29785 / Num. obs: 29746 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 17.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.172 / Mean I/σ(I) obs: 8 / Num. unique all: 2953 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1X92, crystal structure of Pseudomonas aeruginosa Phosphoheptose isomerase

1x92


解像度: 1.85→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.214 2959 -random
Rwork0.183 ---
obs0.183 29676 99.9 %-
all-29708 --
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.08 Å0.04 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2896 0 0 224 3120
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.00567
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.24
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.702
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obsTotal num. of bins used
1.85-1.970.224900.182X-RAY DIFFRACTION44126
1.97-2.120.225030.182X-RAY DIFFRACTION44616
2.12-2.330.214840.171X-RAY DIFFRACTION44386
2.33-2.670.225090.183X-RAY DIFFRACTION44206
2.67-3.360.2244850.193X-RAY DIFFRACTION44886
3.36-500.2024880.182X-RAY DIFFRACTION44986

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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