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万見
- PDB-2yv0: Structural and Thermodynamic Analyses of E. coli ribonuclease HI ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yv0
タイトルStructural and Thermodynamic Analyses of E. coli ribonuclease HI Variant with Quintuple Thermostabilizing Mutations
要素Ribonuclease HI
キーワードHYDROLASE / RNase HI / Quintuple Thermostabilizing Mutations / E. coli
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication, removal of RNA primer / ribonuclease H / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / endonuclease activity / nucleic acid binding / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease HI / : / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / RNase H / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Haruki, M. / Motegi, T. / Tadokoro, T. / Koga, Y. / Takano, K. / Kanaya, S.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2007
タイトル: Structural and thermodynamic analyses of Escherichia coli RNase HI variant with quintuple thermostabilizing mutations.
著者: Haruki, M. / Tanaka, M. / Motegi, T. / Tadokoro, T. / Koga, Y. / Takano, K. / Kanaya, S.
履歴
登録2007年4月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Ribonuclease HI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5611
ポリマ－17,5611
非ポリマー00
水3,909217
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.371, 86.483, 34.816
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease HI / RNase HI / Ribonuclease H / RNase H


分子量: 17560.949 Da / 分子数: 1 / 変異: G23A, H62P, V74L, K95G, D134H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rnhA / プラスミド: pJLA503 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101 / 参照: UniProt: P0A7Y4, ribonuclease H
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.82 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 0.8 Å
検出器日付: 2006年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.32→50 Å / Num. obs: 31520 / % possible obs: 99.8 % / Rmerge(I) obs: 0.032 / Net I/σ(I): 62
反射 シェル解像度: 1.32→1.37 Å / Rmerge(I) obs: 0.134 / Mean I/σ(I) obs: 12.1 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2RN2

2rn2


解像度: 1.4→25.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / SU B: 1.183 / SU ML: 0.049 / ESU R: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.18243 --
obs0.18243 26471 100 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.709 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→25.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1234 0 0 217 1451
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0211263
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021124
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8761.9271709
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.07932615
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1383154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.11415226
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.4920.2179
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021414
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02258
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2540.3288
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2080.31108
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2820.5163
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0630.53
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.440.324
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.260.352
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4350.541
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9471.5767
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.66921224
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6153496
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.264.5485
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rwork0.191 1914

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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