PDB-2ys4: Solution structure of the N-terminal PapD-like domain of HYDIN pr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ys4

タイトル

Solution structure of the N-terminal PapD-like domain of HYDIN protein from human

要素

Hydrocephalus-inducing protein homolog

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / HYDIN / PapD-like / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

axonemal central pair projection / axonemal central apparatus / axonemal central apparatus assembly / trachea development / cilium movement / ventricular system development / epithelial cell development / axoneme / sperm flagellum / cilium
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Li, H. / Tomizawa, T. / Koshiba, S. / Watanabe, S. / Harada, T. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of the N-terminal PapD-like domain of HYDIN protein from human
著者: Li, H. / Tomizawa, T. / Koshiba, S. / Watanabe, S. / Harada, T. / Kigawa, T. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2007年4月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2022年3月16日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ys4.cif.gz	730.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ys4.ent.gz	613.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ys4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ys4_validation.pdf.gz	342.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ys4_full_validation.pdf.gz	497 KB	表示
XML形式データ	2ys4_validation.xml.gz	43.1 KB	表示
CIF形式データ	2ys4_validation.cif.gz	66 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/2ys4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/2ys4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3vrs-d 4rv0-3 2l6y-d 6bsy-d 2koj-d 7bzd-d 4h37-d 1p6t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: hsi002011753.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hydrocephalus-inducing protein homolog

13.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the least restraint violations, target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Hydrocephalus-inducing protein homolog 分子量: 13340.253 Da / 分子数: 1 / 断片: PapD-like, UNP residues 182-296 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: cell-free protein synthesis / 遺伝子: HYDIN / プラスミド: P060327-16 / 参照: UniProt: Q4G0P3

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-separated NOESY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1.19mM sample U-15N,13C PapD-like domain; 20mM d-Tris-HCl; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 120mM / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 296 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 900 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	3.5	Bruker	collection
NMRPipe	20031121	Delaglio, F.	解析
NMRView	5.0.4	Johnson, B.A.	データ解析
KUJIRA	0.982	Kobayashi, N.	データ解析
CYANA	2.0.17	Guntert, P.	構造決定
CYANA	2.0.17	Guntert, P.	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, target function
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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