PDB-2yro: Solution structure of the C-terminal Gal-bind lectin protein from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2yro

タイトル

Solution structure of the C-terminal Gal-bind lectin protein from Human Galectin-8

要素

Galectin-8

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Gal-bind lectin / galectin / sugar binding / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

lymphatic endothelial cell migration / xenophagy / plasma cell differentiation / T cell costimulation / cellular response to virus / integrin binding / carbohydrate binding / cytoplasmic vesicle / extracellular space / membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics, restrained molecular dynamics

データ登録者

Tomizawa, T. / Koshiba, S. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of the C-terminal Gal-bind lectin protein from Human Galectin-8
著者: Tomizawa, T. / Koshiba, S. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2007年4月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年2月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2022年3月16日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2yro.cif.gz	924.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2yro.ent.gz	774.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2yro.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2yro_validation.pdf.gz	340.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2yro_full_validation.pdf.gz	487.9 KB	表示
XML形式データ	2yro_validation.xml.gz	64.4 KB	表示
CIF形式データ	2yro_validation.cif.gz	76.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/2yro ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/2yro	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7doc-3 5i0t-d 5zbj-d 3dtd-11 2z6p-d 3dtd-10 3bz6-d 6yro-4 5idk-1 4xfc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: hso002002300.3

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Galectin-8

17 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy, target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Galectin-8 / Gal-8 / Prostate carcinoma tumor antigen 1 / PCTA-1 / Po66 carbohydrate-binding protein / Po66-CBP 分子量: 17048.285 Da / 分子数: 1 / 断片: Gal-bind_lectin domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Cell-free protein synthesis / 遺伝子: LGALS8 / プラスミド: P050613-32 / 参照: UniProt: O00214

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-separated NOESY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1.28mM Gal-binding lectin U-15N, 13C; 20mM d-Tris-HCl(pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 120mM / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 296 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	3.5	Bruker	collection
NMRPipe	20030801	Delaglio, F.	解析
NMRView	5.0.4	Johnson, B.A.	データ解析
KUJIRA	0.9742	Kobayashi, N.	データ解析
CYANA	2.0.17	Guntert, P.	構造決定
CYANA	2.0.17	Guntert, P.	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics, restrained molecular dynamics
ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy, target function
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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