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万見
- PDB-2yqz: Crystal Structure of Hypothetical Methyltransferase TTHA0223 from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yqz
タイトルCrystal Structure of Hypothetical Methyltransferase TTHA0223 from Thermus thermophilus HB8 complexed with S-adenosylmethionine
要素Hypothetical protein TTHA0223
キーワードTRANSFERASE / RNA methyltransferase / SAM / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #900 / : / Methyltransferase type 11 / Methyltransferase domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich ...Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #900 / : / Methyltransferase type 11 / Methyltransferase domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / Methyltransferase type 11 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kagawa, W. / Kurumizaka, H. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of Hypothetical Methyltransferase TTHA0223 from Thermus thermophilus HB8 complexed with S-adenosylmethionine
著者: Kagawa, W. / Kurumizaka, H. / Yokoyama, S.
履歴
登録2007年4月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / software / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein TTHA0223
B: Hypothetical protein TTHA0223
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5464
ポリマ－59,7502
非ポリマー7972
水4,612256
1
A: Hypothetical protein TTHA0223
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2732
ポリマ－29,8751
非ポリマー3981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Hypothetical protein TTHA0223
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2732
ポリマ－29,8751
非ポリマー3981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.899, 45.064, 84.151
Angle α, β, γ (deg.)87.03, 78.96, 83.49
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: UNKNOWN

-
要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein TTHA0223 / hypothetical RNA methyltransferase


分子量: 29874.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)
参照: UniProt: Q5SLS0, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: Trimethylamine n-oxide, Polyethylene glycol MME 2000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 0.9791, 0.9794, 1.0000
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月11日 / 詳細: monochromator
放射モノクロメーター: Si-111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97911
20.97941
311
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 48889 / Num. obs: 47547 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 19.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.022 / Net I/σ(I): 23.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / Num. unique all: 4704 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
RANTANモデル構築
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
RANTAN位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→29.63 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 4775 -random
Rwork0.202 ---
all0.235 48975 --
obs0.202 47380 96.7 %-
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.11 Å-0.01 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4168 0 54 256 4478
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0138
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.61
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.21
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obsTotal num. of bins used
1.8-1.860.2614520.211X-RAY DIFFRACTION401510
1.86-1.940.2684390.197X-RAY DIFFRACTION430110
1.94-2.030.2454790.194X-RAY DIFFRACTION423010
2.03-2.130.2444960.193X-RAY DIFFRACTION424910
2.13-2.270.2364700.194X-RAY DIFFRACTION429710
2.27-2.440.2424940.194X-RAY DIFFRACTION427410
2.44-2.690.2555180.204X-RAY DIFFRACTION425210
2.69-3.080.2564640.219X-RAY DIFFRACTION437110
3.08-3.880.2334670.211X-RAY DIFFRACTION435510
3.88-500.1974960.192X-RAY DIFFRACTION426110

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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