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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2yqy | ||||||
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タイトル | Crystal structure of TT2238, a four-helix bundle protein | ||||||
![]() | Hypothetical protein TTHA0303 | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / four-helix-bundle / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses | ||||||
機能・相同性 | DinB-like domain / DinB superfamily / dinb family like domain / DinB/YfiT-like putative metalloenzymes / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha / DinB_2 domain-containing protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nagata, K. / Ohtsuka, J. / Iino, H. / Ebihara, A. / Yokoyama, S. / Kuramitsu, S. / Tanokura, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of TTHA0303 (TT2238), a four-helix bundle protein with an exposed histidine triad from Thermus thermophilus HB8 at 2.0 A 著者: Nagata, K. / Ohtsuka, J. / Takahashi, M. / Asano, A. / Iino, H. / Ebihara, A. / Tanokura, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 60.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 45.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 439 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 443 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18739.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: HB8 / プラスミド: pET-11a-TT2238 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.49 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7 詳細: 20%(w/v) PEG 1000, 100mM Tris pH 7.0, 0.2M Zn acetate, microbatch, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年4月16日 詳細: A fixed exit Si double crystal monochromator followed by a two dimensional focu sing mirror which is coated in rhodium. | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Fixed exit Si double crystal monochromator プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2→36 Å / Num. all: 19790 / Num. obs: 19771 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 22.4 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 0.142 / Mean I/σ(I) obs: 8.5 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.225 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→7.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.999→2.048 Å / Total num. of bins used: 20
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