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- PDB-2yq6: Structure of Bcl-xL bound to BimSAHB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yq6
タイトルStructure of Bcl-xL bound to BimSAHB
要素
  • BCL-2-LIKE PROTEIN 1
  • BIM BETA 5
キーワードAPOPTOSIS / CONSTRAINED PEPTIDE / BCL-2 FAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


dynorphin receptor activity / apoptotic process in bone marrow cell / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage ...dynorphin receptor activity / apoptotic process in bone marrow cell / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of execution phase of apoptosis / regulation of mitochondrial membrane permeability / fertilization / neuropeptide binding / regulation of growth / Bcl-2 family protein complex / BH domain binding / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / response to cycloheximide / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / cellular response to alkaloid / hepatocyte apoptotic process / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / BH3 domain binding / germ cell development / apoptotic mitochondrial changes / negative regulation of anoikis / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / neuropeptide signaling pathway / negative regulation of protein localization to plasma membrane / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ovarian follicle development / sensory perception of pain / release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of autophagy / response to cytokine / epithelial cell proliferation / regulation of cytokinesis / regulation of mitochondrial membrane potential / cellular response to amino acid stimulus / cellular response to gamma radiation / synaptic vesicle membrane / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / endocytosis / RAS processing / male gonad development / spermatogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to virus / nuclear membrane / in utero embryonic development / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / neuron projection / centrosome / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Kappa opioid receptor / Opioid receptor / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 ...Kappa opioid receptor / Opioid receptor / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / Bcl-2-like superfamily / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Kappa-type opioid receptor / Bcl-2-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.799 Å
データ登録者Smith, B.J. / Czabotar, P.E.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Stabilizing the Pro-Apoptotic Bimbh3 Helix (Bimsahb) Does not Necessarily Enhance Affinity or Biological Activity.
著者: Okamoto, T. / Zobel, K. / Fedorova, A. / Quan, C. / Yang, H. / Fairbrother, W.J. / Huang, D.C.S. / Smith, B.J. / Deshayes, K. / Czabotar, P.E.
履歴
登録2012年11月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月27日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BCL-2-LIKE PROTEIN 1
B: BIM BETA 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7469
ポリマ－20,1012
非ポリマー6457
水1,33374
1
A: BCL-2-LIKE PROTEIN 1
B: BIM BETA 5
ヘテロ分子

A: BCL-2-LIKE PROTEIN 1
B: BIM BETA 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,49218
ポリマ－40,2034
非ポリマー1,28914
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
Buried area10790 Å2
ΔGint-62.4 kcal/mol
Surface area14970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.736, 35.336, 61.412
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.61, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 BCL-2-LIKE PROTEIN 1 / BCL-XL / BCL2-L-1 / APOPTOSIS REGULATOR BCL-X


分子量: 17917.959 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-26,83-209 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q07817
#2: タンパク質・ペプチド BIM BETA 5 / BIM


分子量: 2183.507 Da / 分子数: 1 / 断片: BH3 DOMAIN, RESIDUES 14-31 / Mutation: YES / 由来タイプ: 合成
詳細: COVALENT LINKAGE BETWEEN SIDE CHAINS OF NON-NATURAL AMINO ACIDS AT POSITIONS 154 AND 158, JOINED THROUGH A METATHESIS REACTION.
由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: O43521
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.87 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 15 % (W/V) PEG 400, 5 % PEG 3000, 10 % GLYCEROL AND 0.1 M MES PH 6.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.979867
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月6日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979867 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 14372 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 21.91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 30.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 85

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3FDL CHAIN A

3fdl


解像度: 1.799→36.238 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.201 719 5 %
Rwork0.1665 --
obs0.1682 14368 97.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.799→36.238 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1311 0 42 74 1427
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061378
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9481857
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.838488
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066188
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004235
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7993-1.93830.23411350.19922474X-RAY DIFFRACTION90
1.9383-2.13330.22851370.16672756X-RAY DIFFRACTION100
2.1333-2.44190.1951440.14952770X-RAY DIFFRACTION100
2.4419-3.07630.18211450.16592803X-RAY DIFFRACTION100
3.0763-36.24520.20061580.16812846X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.0982-4.5656-1.80636.43862.60261.50040.0538-0.2722-0.3614-0.09240.04170.2182-0.02690.0639-0.07980.1837-0.0634-0.00520.17290.02280.12442.2964-6.1875-37.198
24.63683.45873.57753.83614.96417.06420.08230.1160.4557-0.3393-0.14770.2607-0.4873-0.19960.03770.2430.06110.03510.15350.03610.16272.29193.7032-21.2718
32.68390.7652-1.14732.92510.90291.5496-0.02180.19161.82670.43990.0039-1.4491-0.41070.5388-0.0130.3859-0.04180.00080.4743-0.01040.53418.61217.245-11.1517
43.1621-0.1019-1.55122.0830.00973.5669-0.0284-0.0834-0.09010.0069-0.0224-0.15190.22290.2210.04310.12810.0244-0.01590.09910.01260.10248.9503-4.0012-11.9594
52.7929-3.34753.8917.9576-1.23798.684-0.1367-0.18240.19350.46520.1018-0.48530.04660.3513-0.00690.17780.02080.00310.17420.00480.18534.27528.0206-6.9213
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID -4 THROUGH 25 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 26 THROUGH 100 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 101 THROUGH 118 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 119 THROUGH 195 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESID 147 THROUGH 164 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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