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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 2ypd
タイトル
Crystal structure of the Jumonji domain of human Jumonji domain containing 1C protein
要素
PROBABLE JMJC DOMAIN-CONTAINING HISTONE DEMETHYLATION PROT EIN 2C
キーワード
OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報
酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / nuclear thyroid hormone receptor binding / dioxygenase activity / histone H3K9 demethylase activity / histone deacetylase complex / transcription coregulator activity / chromatin DNA binding / blood coagulation / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / regulation of DNA-templated transcription ...酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / nuclear thyroid hormone receptor binding / dioxygenase activity / histone H3K9 demethylase activity / histone deacetylase complex / transcription coregulator activity / chromatin DNA binding / blood coagulation / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / metal ion binding 類似検索 - 分子機能
Histone demethylase JHDM2-like / Cupin / JmjC domain, hydroxylase / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta 類似検索 - ドメイン・相同性
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.9736 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.1→92.82 Å / Num. obs: 50717 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1.7 / 冗長度: 15.6 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル
解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 1.04 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 100
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解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
REFMAC
5.7.0029
精密化
MOSFLM
データ削減
SCALA
データスケーリング
autoSHARP
位相決定
精密化
構造決定の手法: 単波長異常分散 開始モデル: NONE 解像度: 2.1→92.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 9.356 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.23986
2574
5.1 %
RANDOM
Rwork
0.2149
-
-
-
obs
0.21616
48077
99.97 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK