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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2yoy | ||||||
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タイトル | Bacillus amyloliquefaciens CBM33 in complex with Cu(I) reduced using ascorbate | ||||||
![]() | RBAM17540 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / CELLULOSE OXIDATION / GH61 / CELLULOSE DEGRADATION | ||||||
機能・相同性 | chitin-binding protein cbp21 / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / Distorted Sandwich / Mainly Beta / COPPER (I) ION / : ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hemsworth, G.R. / Taylor, E.J. / Kim, R.Q. / Lewis, S.J. / Turkenburg, J.P. / Davies, G.J. / Walton, P.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Copper Active Site of Cbm33 Polysaccharide Oxygenases. 著者: Hemsworth, G.R. / Taylor, E.J. / Kim, R.Q. / Gregory, R.C. / Lewis, S.J. / Turkenburg, J.P. / Parkin, A. / Davies, G.J. / Walton, P.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 89.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 67.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 441.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 441.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: _ / Auth seq-ID: 28 - 205 / Label seq-ID: 1 - 178
NCS oper: (Code: given Matrix: (0.99997, 0.0077, -0.00302), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19717.844 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 28-205 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | LEADER PEPTIDE WAS NOT INCLUDED IN THE CONSTRUCT BUT REPLACED BY PELB LEADER TO DIRECT PROTEIN TO PERIPLASM | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 4 / 詳細: 0.1M MMT BUFFER PH 4.0, 25% PEG-1500 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月16日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SINGLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→41.6 Å / Num. obs: 42480 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 8.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER 開始モデル: NONE 解像度: 1.7→41.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 2.461 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: SIMPLE MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.829 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→41.64 Å
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拘束条件 |
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