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- PDB-2ynt: GIM-1-3Mol native. Crystal structures of Pseudomonas aeruginosa G... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ynt
タイトルGIM-1-3Mol native. Crystal structures of Pseudomonas aeruginosa GIM- 1: active site plasticity in metallo-beta-lactamases
要素(GIM-1 PROTEIN) x 2
キーワードHYDROLASE / ANTIBIOTIC RESISTANCE / RESIDUE DETERMINANTS / LOOP DYNAMICS
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.598 Å
データ登録者Borra, P.S. / Samuelsen, O. / Spencer, J. / Lorentzen, M.S. / Leiros, H.-K.S.
引用ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2013
タイトル: Crystal Structures of Pseudomonas Aeruginosa Gim-1: Active-Site Plasticity in Metallo-Beta-Lactamases.
著者: Borra, P.S. / Samuelsen, O. / Spencer, J. / Walsh, T.R. / Lorentzen, M.S. / Leiros, H.-K.S.
履歴
登録2012年10月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GIM-1 PROTEIN
B: GIM-1 PROTEIN
C: GIM-1 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,45011
ポリマ－76,8733
非ポリマー5778
水13,872770
1
B: GIM-1 PROTEIN
ヘテロ分子

B: GIM-1 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5296
ポリマ－51,2682
非ポリマー2624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area1870 Å2
ΔGint-166 kcal/mol
Surface area18970 Å2
手法PISA
2
A: GIM-1 PROTEIN
C: GIM-1 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6858
ポリマ－51,2402
非ポリマー4466
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2290 Å2
ΔGint-165.3 kcal/mol
Surface area18910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.922, 140.658, 41.069
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 GIM-1 PROTEIN / METALLO-BETA-LACTAMASE GIM-1


分子量: 25619.758 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 19-250 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR PLYSS PRARE / 参照: UniProt: Q704V1
#2: タンパク質 GIM-1 PROTEIN / METALLO-BETA-LACTAMASE GIM-1


分子量: 25633.785 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 19-250 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR PLYSS PRARE / 参照: UniProt: Q704V1
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 770 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RESIDUES 1-18 IN THE GENE SEQUENCE ARE REMOVED AND A HIS TAG AND TEV CLEAVE SITE WAS INTRODUCED. A ...RESIDUES 1-18 IN THE GENE SEQUENCE ARE REMOVED AND A HIS TAG AND TEV CLEAVE SITE WAS INTRODUCED. A SERINE FROM THE TEV SITE IS THEN THE FIRST RESIDUE FOLLOWED BY GLN19 IN THE GENE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.97 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1M TRIS PH 7.1, 21% POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL ETHER 2000 (PEG MME 2K), 4% GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.24
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.24 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. obs: 84988 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.8 % / Biso Wilson estimate: 14.48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.6→1.68 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 0 / % possible all: 90.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DDK

1ddk


解像度: 1.598→19.987 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 0.24 / 位相誤差: 18.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2051 4267 5 %
Rwork0.1622 --
obs0.1644 84751 98.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.598→19.987 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5153 0 18 770 5941
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065509
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1027519
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0052005
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076835
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005967
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.598-1.61620.27141280.21662196X-RAY DIFFRACTION83
1.6162-1.63520.23971160.19782371X-RAY DIFFRACTION88
1.6352-1.65510.23631320.19362461X-RAY DIFFRACTION91
1.6551-1.67610.2371320.1852566X-RAY DIFFRACTION96
1.6761-1.69810.24491310.17752662X-RAY DIFFRACTION98
1.6981-1.72130.23311560.18032681X-RAY DIFFRACTION100
1.7213-1.74590.24581310.17332682X-RAY DIFFRACTION100
1.7459-1.7720.21971450.16572690X-RAY DIFFRACTION99
1.772-1.79960.20971530.16442689X-RAY DIFFRACTION100
1.7996-1.82910.21131490.15922653X-RAY DIFFRACTION100
1.8291-1.86060.18311300.16022742X-RAY DIFFRACTION100
1.8606-1.89450.21081580.15972658X-RAY DIFFRACTION100
1.8945-1.93090.19711680.15752682X-RAY DIFFRACTION100
1.9309-1.97020.20681400.16022716X-RAY DIFFRACTION100
1.9702-2.0130.21241140.16232707X-RAY DIFFRACTION100
2.013-2.05980.18651380.16392746X-RAY DIFFRACTION100
2.0598-2.11130.21371510.16292651X-RAY DIFFRACTION100
2.1113-2.16830.21061410.16492743X-RAY DIFFRACTION100
2.1683-2.2320.2371160.16522730X-RAY DIFFRACTION100
2.232-2.3040.1981550.16472710X-RAY DIFFRACTION100
2.304-2.38620.24771380.16772721X-RAY DIFFRACTION100
2.3862-2.48160.20631530.16922709X-RAY DIFFRACTION100
2.4816-2.59430.21271400.17392753X-RAY DIFFRACTION99
2.5943-2.73070.22051300.16332743X-RAY DIFFRACTION100
2.7307-2.90130.17971500.16512733X-RAY DIFFRACTION100
2.9013-3.12460.22111420.17322766X-RAY DIFFRACTION100
3.1246-3.43760.22991600.15752760X-RAY DIFFRACTION100
3.4376-3.93170.17861450.14412778X-RAY DIFFRACTION100
3.9317-4.94120.16171600.1352823X-RAY DIFFRACTION100
4.9412-19.98810.19281650.16512962X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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