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万見
- PDB-2yn3: Structural insight into the giant calcium-binding adhesin SiiE: i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yn3
タイトルStructural insight into the giant calcium-binding adhesin SiiE: implications for the adhesion of Salmonella enterica to polarized epithelial cells
要素PUTATIVE INNER MEMBRANE PROTEIN
キーワードMEMBRANE PROTEIN / BIG-DOMAINS ADHESIN
機能・相同性
機能・相同性情報


homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / calcium ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
N-terminal domain of TfIIb - #90 / Bacterial Ig-like domain / Bacterial Ig-like domain 13 / Bacterial Ig-like domain / Ig-like domain, bacterial type / N-terminal domain of TfIIb / Cadherin-like / Cadherins domain profile. / Other non-globular / Special ...N-terminal domain of TfIIb - #90 / Bacterial Ig-like domain / Bacterial Ig-like domain 13 / Bacterial Ig-like domain / Ig-like domain, bacterial type / N-terminal domain of TfIIb / Cadherin-like / Cadherins domain profile. / Other non-globular / Special / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / PHOSPHATE ION / Inner membrane protein
類似検索 - 構成要素
生物種SALMONELLA ENTERICA SUBSP. ENTERICA SEROVAR TYPHIMURIUM (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Griessl, M.H. / Schmid, B. / Kassler, K. / Braunsmann, C. / Ritter, R. / Barlag, B. / Sturm, K.U. / Danzer, C. / Wagner, C. / Schaeffer, T.E. ...Griessl, M.H. / Schmid, B. / Kassler, K. / Braunsmann, C. / Ritter, R. / Barlag, B. / Sturm, K.U. / Danzer, C. / Wagner, C. / Schaeffer, T.E. / Sticht, H. / Hensel, M. / Muller, Y.A.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structural Insight Into the Giant Ca(2+)-Binding Adhesin Siie: Implications for the Adhesion of Salmonella Enterica to Polarized Epithelial Cells.
著者: Griessl, M.H. / Schmid, B. / Kassler, K. / Braunsmann, C. / Ritter, R. / Barlag, B. / Stierhof, Y. / Sturm, K.U. / Danzer, C. / Wagner, C. / Schaffer, T.E. / Sticht, H. / Hensel, M. / Muller, Y.A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Crystallization and Preliminary Crystallographic Analysis of an Ig-Domain-Encompassing Fragment of the Giant Adhesion Protein Siie from Salmonella Enterica.
著者: Sturm, K.U. / Griessl, M.H. / Wagner, C. / Deiwick, J. / Hensel, M. / Muller, Y.A.
履歴
登録2012年10月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月5日Group: Database references
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUTATIVE INNER MEMBRANE PROTEIN
B: PUTATIVE INNER MEMBRANE PROTEIN
C: PUTATIVE INNER MEMBRANE PROTEIN
D: PUTATIVE INNER MEMBRANE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,55720
ポリマ－121,6874
非ポリマー87016
水8,323462
1
A: PUTATIVE INNER MEMBRANE PROTEIN
C: PUTATIVE INNER MEMBRANE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,47312
ポリマ－60,8432
非ポリマー62910
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4720 Å2
ΔGint-107.9 kcal/mol
Surface area26180 Å2
手法PISA
2
B: PUTATIVE INNER MEMBRANE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5424
ポリマ－30,4221
非ポリマー1203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
D: PUTATIVE INNER MEMBRANE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5424
ポリマ－30,4221
非ポリマー1203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.480, 153.309, 96.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.88, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
PUTATIVE INNER MEMBRANE PROTEIN / SIIE


分子量: 30421.697 Da / 分子数: 4 / 断片: BIG DOMAINS 50 TO 52, RESIDUES 5078-5365 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SALMONELLA ENTERICA SUBSP. ENTERICA SEROVAR TYPHIMURIUM (サルモネラ菌)
株: LT2 / プラスミド: P3355-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8ZKG6
#2: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 462 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.2 M AMMONIUM IODIDE, 20 % PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9797
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月8日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI-111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→35 Å / Num. obs: 72931 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.12→2.18 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.396 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 85.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.12→34.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 4.757 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.211 / ESU R Free: 0.191 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25971 3648 5 %RANDOM
Rwork0.21024 ---
obs0.21271 69306 98.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.779 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.16 Å2-0 Å21.31 Å2
2---1.08 Å20 Å2
3---0.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.12→34.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7506 0 20 462 7988
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.027640
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5531.95310499
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4925999
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.32527.083312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.877151103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8021512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.21305
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215750
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.12→2.175 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 233 -
Rwork0.241 4435 -
obs--85.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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