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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ymz | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of chicken Galectin 2 | |||||||||
![]() | GALECTIN 2 | |||||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / CARBOHYDRATE RECOGNITION | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Fernandez, I.S. / Ruiz, F.M. / Solis, D. / Gabius, H.-J. / Romero, A. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Fine-Tuning of Prototype Chicken Galectins: Structure of Cg-2 and Structure-Activity Correlations 著者: Ruiz, F.M. / Fernandez, I.S. / Lopez-Merino, L. / Lagartera, L. / Kaltner, H. / Menendez, M. / Andre, S. / Solis, D. / Gabius, H.-J. / Romero, A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 177.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 142.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 36 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 51.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1qmjS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14949.996 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 多糖 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.38 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 4.8 詳細: 2.0 M AMMONIUM SULPHATE, 1% B-MERCAPTOETHANOL AT PH 4.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 1998年5月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→43.6 Å / Num. obs: 90331 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 18.94 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2.15 / % possible all: 86.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1QMJ 解像度: 1.75→43.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 2.436 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.908 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→43.6 Å
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拘束条件 |
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