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- PDB-2ymw: Structure of the epsilon-lysine oxidase from Marinomonas mediterranea -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ymw
タイトルStructure of the epsilon-lysine oxidase from Marinomonas mediterranea
要素L-LYSINE 6-OXIDASE
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


L-lysine 6-oxidase / L-lysine 6-oxidase activity / negative regulation of single-species biofilm formation / quinone binding / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能
L-lysine epsilon-oxidase / L-Lysine epsilon oxidase, N-terminal / L-lysine epsilon oxidase, C-terminal / L-Lysine epsilon oxidase N-terminal / L-lysine epsilon oxidase C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHANOL / L-lysine 6-oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種MARINOMONAS MEDITERRANEA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Medrano, F.J. / Romero, A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of the Epsilon-Lysine Oxidase from Marinomonas Mediterranea
著者: Medrano, F.J. / Sanchez-Amat, A. / Romero, A.
履歴
登録2012年10月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.22025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-LYSINE 6-OXIDASE
B: L-LYSINE 6-OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,84679
ポリマ－166,2992
非ポリマー3,54777
水15,871881
1
A: L-LYSINE 6-OXIDASE
B: L-LYSINE 6-OXIDASE
ヘテロ分子

A: L-LYSINE 6-OXIDASE
B: L-LYSINE 6-OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)339,692158
ポリマ－332,5984
非ポリマー7,094154
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area46290 Å2
ΔGint194.3 kcal/mol
Surface area98440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.680, 127.883, 106.897
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.18, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

#1: タンパク質 L-LYSINE 6-OXIDASE / L-LYSINE-EPSILON-OXIDASE / MARINOCINE


分子量: 83149.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CYSTEINYL TRYPTOPHYLQUINONE COFACTOR MADE UP BY CYS516 AND TRP581
由来: (組換発現) MARINOMONAS MEDITERRANEA (バクテリア)
株: MMB-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: F2JXJ3, L-lysine 6-oxidase
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物...
ChemComp-EOH / ETHANOL


分子量: 46.068 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 881 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.75 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8
詳細: 10% ETHANOL, 0.2 M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1 M IMIDAZOLE 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.97705
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97705 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.41→35.28 Å / Num. obs: 68875 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 45.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 2.41→2.54 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.41→35.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8754 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.7914 / SU R Cruickshank DPI: 0.345 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.358 / SU Rfree Blow DPI: 0.28 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.28
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2792 3472 5.04 %RANDOM
Rwork0.1919 ---
obs0.1963 68861 98.34 %-
原子変位パラメータBiso mean: 42.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.3175 Å20 Å2-6.8357 Å2
2--15.5058 Å20 Å2
3----20.8233 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.295 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.41→35.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10726 0 229 881 11836
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0111156HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.2115077HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3675SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes338HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1587HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it11156HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.96
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.47
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1398SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact12945SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.41→2.47 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3251 202 4.71 %
Rwork0.2379 4090 -
all0.242 4292 -
obs--98.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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