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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2yme | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a mutant binding protein (5HTBP-AChBP) in complex with granisetron | ||||||
![]() | SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR | ||||||
![]() | RECEPTOR / PENTAMERIC LIGAND-GATED ION CHANNEL | ||||||
機能・相同性 | ![]() acetylcholine receptor activity / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / response to nicotine / neuron projection / synapse / identical protein binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kesters, D. / Thompson, A.J. / Brams, M. / Elk, R.v. / Spurny, R. / Geitmann, M. / Villalgordo, J.M. / Guskov, A. / Danielson, U.H. / Lummis, S.C.R. ...Kesters, D. / Thompson, A.J. / Brams, M. / Elk, R.v. / Spurny, R. / Geitmann, M. / Villalgordo, J.M. / Guskov, A. / Danielson, U.H. / Lummis, S.C.R. / Smit, A.B. / Ulens, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Basis of Ligand Recognition in 5-Ht3 Receptors. 著者: Kesters, D. / Thompson, A.J. / Brams, M. / Van Elk, R. / Spurny, R. / Geitmann, M. / Villalgordo, J.M. / Guskov, A. / Helena Danielson, U. / Lummis, S.C.R. / Smit, A.B. / Ulens, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 864.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 729.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 3.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 92.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 120.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-1, -0.029, -0.004), ベクター: |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 19分子 ABCDEFGHIJ![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/NAG.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 23343.137 Da / 分子数: 10 / 断片: ACETYLCHOLINE BINDING DOMAIN, RESIDUES 20-224 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 株 (発現宿主): SF21 / 参照: UniProt: Q8WSF8 #2: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 4種, 1267分子 ![](data/chem/img/CWB.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-CWB / #4: 化合物 | ChemComp-PO4 / #5: 化合物 | ChemComp-NA / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 200 MM NA2SO4, BISTRISPROPANE PH 8.5, 18% PEG3350. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8726 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→46.35 Å / Num. obs: 105875 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 35.58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 10.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2XYS 解像度: 2.4→48.908 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 24.57 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.137 Å2 / ksol: 0.338 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→48.908 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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