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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ymd | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | Crystal structure of a mutant binding protein (5HTBP-AChBP) in complex with serotonin (5-hydroxytryptamine) | ||||||
要素 | SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR | ||||||
キーワード | RECEPTOR / PENTAMERIC LIGAND-GATED ION CHANNEL | ||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / metal ion binding / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
| 生物種 | ![]() | ||||||
| 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å | ||||||
データ登録者 | Kesters, D. / Thompson, A.J. / Brams, M. / Elk, R.v. / Spurny, R. / Geitmann, M. / Villalgordo, J.M. / Guskov, A. / Danielson, U.H. / Lummis, S.C.R. ...Kesters, D. / Thompson, A.J. / Brams, M. / Elk, R.v. / Spurny, R. / Geitmann, M. / Villalgordo, J.M. / Guskov, A. / Danielson, U.H. / Lummis, S.C.R. / Smit, A.B. / Ulens, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2013タイトル: Structural Basis of Ligand Recognition in 5-Ht(3) Receptors. 著者: Kesters, D. / Thompson, A.J. / Brams, M. / Van Elk, R. / Spurny, R. / Geitmann, M. / Villalgordo, J.M. / Guskov, A. / Helena Danielson, U. / Lummis, S.C. / Smit, A.B. / Ulens, C. | ||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 2ymd.cif.gz | 896.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb2ymd.ent.gz | 758.7 KB | 表示 | PDB形式 |
| PDBx/mmJSON形式 | 2ymd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| 文書・要旨 | 2ymd_validation.pdf.gz | 550.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 | 2ymd_full_validation.pdf.gz | 568.2 KB | 表示 | |
| XML形式データ | 2ymd_validation.xml.gz | 105.6 KB | 表示 | |
| CIF形式データ | 2ymd_validation.cif.gz | 153.2 KB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ym/2ymd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ym/2ymd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
| 登録構造単位 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| 単位格子 |
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| 非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-1, -0.029, -0.004), ベクター: |
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要素
| #1: タンパク質 | 分子量: 24092.885 Da / 分子数: 10 / 断片: ACETYLCHOLINE BINDING DOMAIN, RESIDUES 20-231 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() 株 (発現宿主): SF21 / 参照: UniProt: Q8WSF8 #2: 化合物 | ChemComp-SRO / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | ChemComp-PO4 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | 非ポリマーの詳細 | SEROTONIN (SRO): SYNONYM 5-HYDROXYTRY | 配列の詳細 | THE CONFLICTS BETWEEN THE UNIPROT AND PROTEIN SEQUENCE ARE DUE TO DIFFERENCES IN THE CLONING METHOD ...THE CONFLICTS BETWEEN THE UNIPROT AND PROTEIN SEQUENCE ARE DUE TO DIFFERENCE | |
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-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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試料調製
| 結晶 | マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.41 % / 解説: NONE |
|---|---|
| 結晶化 | 詳細: 400 MM (NH4)H2PO4 |
-データ収集
| 回折 | 平均測定温度: 100 K |
|---|---|
| 放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 |
| 検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年6月2日 |
| 放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
| 放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
| 反射 | 解像度: 1.96→46.9 Å / Num. obs: 249028 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 22.28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.01 / Net I/σ(I): 6.4 |
| 反射 シェル | 解像度: 1.96→2.19 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 99.6 |
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解析
| ソフトウェア |
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| 精密化 | 構造決定の手法: 分子置換開始モデル: PDB ENTRY 2XYS 解像度: 1.96→46.903 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 19.56 / 立体化学のターゲット値: ML
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| 溶媒の処理 | 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 2 Å2 / ksol: 2 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 原子変位パラメータ | Biso mean: 29.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.96→46.903 Å
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| 拘束条件 |
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| LS精密化 シェル |
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| 精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| 精密化 TLSグループ |
|
ムービー
コントローラー
万見について





X線回折
引用








































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