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万見
- PDB-2ykf: Sensor region of a sensor histidine kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ykf
タイトルSensor region of a sensor histidine kinase
要素PROBABLE SENSOR HISTIDINE KINASE PDTAS
キーワードTRANSFERASE / TWO-COMPONENT SYSTEM / GAF DOMAIN / PAS DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


protein histidine kinase activity / histidine kinase / phosphorelay signal transduction system / phosphorelay sensor kinase activity / protein autophosphorylation / protein kinase activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GAF domain / Histidine kinase PdtaS, GAF domain / Histidine kinase PdtaS, GAF domain superfamily / Histidine kinase PdtaS, GAF domain / Signal transduction histidine kinase, subgroup 2, dimerisation and phosphoacceptor domain / Histidine kinase / PAS domain / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Beta-Lactamase ...GAF domain / Histidine kinase PdtaS, GAF domain / Histidine kinase PdtaS, GAF domain superfamily / Histidine kinase PdtaS, GAF domain / Signal transduction histidine kinase, subgroup 2, dimerisation and phosphoacceptor domain / Histidine kinase / PAS domain / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Beta-Lactamase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / Probable sensor histidine kinase PdtaS / Sensor histidine kinase PdtaS
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2 Å
データ登録者Preu, J. / Panjikar, S. / Morth, P. / Jaiswal, R. / Karunakar, P. / Tucker, P.A.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2012
タイトル: The Sensor Region of the Ubiquitous Cytosolic Sensor Kinase, Pdtas, Contains Pas and Gaf Domain Sensing Modules.
著者: Preu, J. / Panjikar, S. / Morth, P. / Jaiswal, R. / Karunakar, P. / Tucker, P.A.
履歴
登録2011年5月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月27日Group: Other
改定 1.22015年9月23日Group: Data collection / Other
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROBABLE SENSOR HISTIDINE KINASE PDTAS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,92718
ポリマ－32,5531
非ポリマー1,37517
水2,522140
1
A: PROBABLE SENSOR HISTIDINE KINASE PDTAS
ヘテロ分子

A: PROBABLE SENSOR HISTIDINE KINASE PDTAS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,85536
ポリマ－65,1062
非ポリマー2,74934
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area8940 Å2
ΔGint-43.5 kcal/mol
Surface area20560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.590, 81.270, 105.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 PROBABLE SENSOR HISTIDINE KINASE PDTAS / PDTAS


分子量: 32552.832 Da / 分子数: 1 / 断片: GAF AND PAS DOMAINS, RESIDUES 1-303 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
株: H37RV / プラスミド: PETM11RV3320CN-TERM / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CC1
参照: UniProt: O05846, UniProt: P9WGL5*PLUS, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.02 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)波長
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG X1210.9190, 0.9187, 0.9050
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG X1120.8051
検出器
タイプID検出器詳細
MARRESEARCH1CCDMIRRORS
MAR555 FLAT PANEL2IMAGE PLATEMIRRORS
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1DOUBLE CRYSTAL SI(111)MADMx-ray1
2DOUBLE CRYSTAL SI(111)MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9191
20.91871
30.9051
40.80511
反射解像度: 2→19.5 Å / Num. obs: 21659 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル最高解像度: 2 Å / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0072精密化
DENZOデータ削減
XDSデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
Auto-Rickshaw位相決定
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2→19.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 3.735 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. BUT ARE NOT IN THE DEPOSITED COORDINATES.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23956 1024 4.7 %RANDOM
Rwork0.18777 ---
obs0.19021 20591 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.076 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1970 0 21 140 2131
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0212051
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9271.9652803
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2165273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.89122.66790
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.4315323
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6611522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1370.2333
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0211564
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4951.51322
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.61622129
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8423729
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.9494.5667
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 74 -
Rwork0.223 1497 -
obs--99.75 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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