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- PDB-2yk0: Structure of the N-terminal NTS-DBL1-alpha and CIDR-gamma double ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yk0
タイトルStructure of the N-terminal NTS-DBL1-alpha and CIDR-gamma double domain of the PfEMP1 protein from Plasmodium falciparum varO strain.
要素ERYTHROCYTE MEMBRANE PROTEIN 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ADHESIN / PFEMP1
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell surface receptor binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1930 / Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein-1, N-terminal segment / N-terminal segments of PfEMP1 / : / Cysteine-rich interdomain region 1 gamma / Cysteine-Rich Interdomain Region 1 gamma / Duffy-binding-like domain, C-terminal subdomain / Duffy-binding-like domain / PFEMP1 DBL domain / Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1, acidic terminal segment ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1930 / Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein-1, N-terminal segment / N-terminal segments of PfEMP1 / : / Cysteine-rich interdomain region 1 gamma / Cysteine-Rich Interdomain Region 1 gamma / Duffy-binding-like domain, C-terminal subdomain / Duffy-binding-like domain / PFEMP1 DBL domain / Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1, acidic terminal segment / acidic terminal segments, variant surface antigen of PfEMP1 / Duffy-antigen binding / Duffy-antigen binding superfamily / Duffy binding domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Erythrocyte membrane protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種PLASMODIUM FALCIPARUM (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Lewit-Bentley, A. / Juillerat, A. / Vigan-Womas, I. / Guillotte, M. / Hessel, A. / Raynal, B. / Mercereau-Puijalon, O. / Bentley, G.A.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2012
タイトル: Structural Basis for the Abo Blood-Group Dependence of Plasmodium Falciparum Rosetting.
著者: Vigan-Womas, I. / Guillotte, M. / Juillerat, A. / Hessel, A. / Raynal, B. / England, P. / Cohen, J.H. / Bertrand, O. / Peyrard, T. / Bentley, G.A. / Lewit-Bentley, A. / Mercereau-Puijalon, O.
履歴
登録2011年5月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月1日Group: Database references
改定 1.22019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ERYTHROCYTE MEMBRANE PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,1065
ポリマ－91,8661
非ポリマー2414
水57632
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.907, 144.362, 75.836
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.89, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 ERYTHROCYTE MEMBRANE PROTEIN 1


分子量: 91865.680 Da / 分子数: 1 / 断片: DBL1-CIDR, RESIDUES 2-787 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PLASMODIUM FALCIPARUM (マラリア病原虫)
株: PALO ALTO / Variant: VARO / プラスミド: PMAL-C2X / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): ROSETTA GAMI / 参照: UniProt: B7T1P0
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, THR 10 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ALA 125 TO SER ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, THR 10 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ALA 125 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, THR 128 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, THR 154 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, SER 186 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, SER 250 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, SER 360 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, SER 657 TO ALA
Has protein modificationY
配列の詳細RESIDUES 66-68 (IEG) CORRESPOND TO FACTOR X CLEAVAGE SITE AND EIGHT POTENTIAL GLYCOSYLATION SITES ...RESIDUES 66-68 (IEG) CORRESPOND TO FACTOR X CLEAVAGE SITE AND EIGHT POTENTIAL GLYCOSYLATION SITES HAVE BEEN MUTATED (EITHER SER OR THR TO ALA).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.4 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法
詳細: VAPOUR DIFFUSION, 10 MG/ML PROTEIN AGAINST 10% PEG 3350, 200 MM NACL, 100 MM SODIUM CITRATE PH 8.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9801
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月22日 / 詳細: KB-MIRRORS
放射モノクロメーター: CHANNEL-CUT SI (111) CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→40 Å / Num. obs: 39458 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 67.08 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.25 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / % possible all: 84.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.9.3精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XU0

2xu0


解像度: 2.8→40.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8467 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.816 / SU R Cruickshank DPI: 0.353 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.329 / SU Rfree Blow DPI: 0.263 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.274
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2547 2007 5.09 %RANDOM
Rwork0.2127 ---
obs0.2148 39458 96.82 %-
原子変位パラメータBiso mean: 76.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--38.5522 Å20 Å2-18.0451 Å2
2--11.6573 Å20 Å2
3---26.8948 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→40.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5666 0 12 32 5710
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015827HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.247847HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2117SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes181HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes821HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5827HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.58
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion25.03
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion735SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6849SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3181 101 4.08 %
Rwork0.2621 2372 -
all0.2645 2473 -
obs--96.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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