PDB-2yjp: Crystal structure of the solute receptors for L-cysteine of Neiss...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2yjp

タイトル

Crystal structure of the solute receptors for L-cysteine of Neisseria gonorrhoeae

要素

PUTATIVE ABC TRANSPORTER, PERIPLASMIC BINDING PROTEIN, AMINO ACID

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / SOLUTE-BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

NEISSERIA GONORRHOEAE (淋菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.26 Å

データ登録者

Bulut, H. / Moniot, S. / Scheffel, F. / Gathmann, S. / Licht, A. / Saenger, W. / Schneider, E.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Crystal Structures of Two Solute Receptors for L-Cystine and L-Cysteine, Respectively, of the Human Pathogen Neisseria Gonorrhoeae.
著者: Bulut, H. / Moniot, S. / Licht, A. / Scheffel, F. / Gathmann, S. / Saenger, W. / Schneider, E.

履歴

登録	2011年5月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年1月25日	Group: Other
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2yjp.cif.gz	302.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2yjp.ent.gz	244 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2yjp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2yjp_validation.pdf.gz	481 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2yjp_full_validation.pdf.gz	493.4 KB	表示
XML形式データ	2yjp_validation.xml.gz	33.1 KB	表示
CIF形式データ	2yjp_validation.cif.gz	46.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/2yjp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/2yjp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ylnC 3zsfC 1xt8S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5fit-1 5l9o-1 3g88-2 4p0m-d 6fxg-2 5lom-1 3g88-1 3ss8-1 5ot9-1 1hpb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #149 - 2012年5月レプチン (Leptin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PUTATIVE ABC TRANSPORTER, PERIPLASMIC BINDING PROTEIN, AMINO ACID

B: PUTATIVE ABC TRANSPORTER, PERIPLASMIC BINDING PROTEIN, AMINO ACID

C: PUTATIVE ABC TRANSPORTER, PERIPLASMIC BINDING PROTEIN, AMINO ACID

ヘテロ分子

95.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PUTATIVE ABC TRANSPORTER, PERIPLASMIC BINDING PROTEIN, AMINO ACID

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PUTATIVE ABC TRANSPORTER, PERIPLASMIC BINDING PROTEIN, AMINO ACID

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: PUTATIVE ABC TRANSPORTER, PERIPLASMIC BINDING PROTEIN, AMINO ACID

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.710, 91.590, 158.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	3	A	25 - 30
2	1	1	3	B	25 - 30
3	1	1	3	C	25 - 30
1	2	1	3	A	32 - 82
2	2	1	3	B	32 - 82
3	2	1	3	C	32 - 82
1	3	1	3	A	84 - 139
2	3	1	3	B	84 - 139
3	3	1	3	C	84 - 139
1	4	1	3	A	144 - 160
2	4	1	3	B	144 - 160
3	4	1	3	C	144 - 160
1	5	1	3	A	164 - 169
2	5	1	3	B	164 - 169
3	5	1	3	C	164 - 169
1	6	1	3	A	182 - 199
2	6	1	3	B	182 - 199
3	6	1	3	C	182 - 199
1	7	1	3	A	201 - 210
2	7	1	3	B	201 - 210
3	7	1	3	C	201 - 210
1	8	1	3	A	215 - 229
2	8	1	3	B	215 - 229
3	8	1	3	C	215 - 229
1	9	1	3	A	231 - 249
2	9	1	3	B	231 - 249
3	9	1	3	C	231 - 249
1	10	1	3	A	251 - 268
2	10	1	3	B	251 - 268
3	10	1	3	C	251 - 268

#1: タンパク質	PUTATIVE ABC TRANSPORTER, PERIPLASMIC BINDING PROTEIN, AMINO ACID / SOLUTE RECEPTORS FOR L-CYSTEINE 分子量: 31403.377 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 18-284 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) NEISSERIA GONORRHOEAE (淋菌) / 株: FA 1090 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR PLYSS / 参照: UniProt: Q5F5B5
#2: 化合物	ChemComp-CYS / CYSTEINE / システインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 121.158 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO₂S
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 23 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 23 TO ALA ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 23 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 23 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, CYS 23 TO ALA
配列の詳細	N-TERMINAL HIS-TAG CONSTRUCT WITH ENTEROKINASE CLEAVAGE SITE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.5 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 16-18% PEG 4000, 100 MM HEPES PH 7.0, 10 MM ZNCL2.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9395
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9395 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.26→47.18 Å / Num. obs: 39913 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.14 % / B_iso Wilson estimate: 30.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 11.32
反射シェル	解像度: 2.26→2.38 Å / 冗長度: 2.92 % / R_merge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / % possible all: 86.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XT8

1xt8

解像度: 2.26→47.18 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.284 / ESU R Free: 0.214 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23274	1996	5 %	RANDOM
R_work	0.18472	-	-	-
obs	0.18713	37917	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.081 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.68 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.26→47.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5620	0	53	356	6029

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.022	5813
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.946	1.972	7881
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.443	5	744
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.465	25.645	248
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.375	15	972
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.497	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.12	0.2	893
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	4399
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.693	1.5	3718
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.236	2	5952
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.48	3	2095
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.053	4.5	1929
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	848	tight positional	0.09	0.05
2	B	848	tight positional	0.06	0.05
3	C	848	tight positional	0.1	0.05
1	A	733	loose positional	0.22	5
2	B	733	loose positional	0.18	5
3	C	733	loose positional	0.23	5
1	A	848	tight thermal	0.21	0.5
2	B	848	tight thermal	0.19	0.5
3	C	848	tight thermal	0.2	0.5
1	A	733	loose thermal	0.23	10
2	B	733	loose thermal	0.23	10
3	C	733	loose thermal	0.23	10

LS精密化シェル

解像度: 2.26→2.319 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.319	122	-
R_work	0.224	2317	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1918	-0.0405	0.155	1.5838	0.3636	2.8495	0.0226	0.2121	-0.003	-0.1947	-0.071	-0.0069	-0.192	0.0527	0.0483	0.0585	0.0155	0.0111	0.0764	0.0054	0.0914	7.529	7.634	22.897
2	1.6326	-0.6378	-0.0819	2.6337	-0.274	2.0088	-0.0104	-0.1526	0.1583	0.1314	0.0128	-0.0448	-0.1131	0.0774	-0.0023	0.0126	-0.0095	-0.0049	0.0599	-0.0089	0.0552	13.01	9.699	46.679
3	2.2741	-0.8071	1.2106	2.032	-0.3175	2.2022	0.15	-0.0711	-0.4508	-0.0431	0.0093	0.2754	0.2937	-0.2414	-0.1594	0.0631	-0.0042	-0.0054	0.1247	-0.0276	0.1443	1.714	-1.777	27.051
4	1.8311	-0.9886	-0.0938	2.5575	0.5485	1.0044	0.0845	0.1004	-0.2587	-0.0766	-0.0595	0.0684	0.1713	0.0112	-0.0249	0.0602	-0.0066	-0.0259	0.1209	0.0027	0.0848	31.287	20.322	20.033
5	2.8199	-0.5171	0.3589	2.2421	-0.3037	1.6565	0.0767	-0.1954	-0.0763	0.072	-0.0052	0.072	0.0709	0.0099	-0.0714	0.0202	0.0004	0.0128	0.0595	0.0002	0.0279	26.073	33.142	29.808
6	3.7842	-1.9038	0.0624	2.2657	0.0928	1.4169	0.2799	0.4925	0.2571	-0.4317	-0.2386	-0.2145	-0.1318	0.0907	-0.0413	0.1088	0.017	0.0152	0.1971	0.0012	0.0883	38.169	24.173	11.433
7	1.4513	0.4552	-0.662	2.4855	-1.2467	1.513	0.0717	0.1392	0.1678	-0.1755	-0.0033	0.0166	-0.0196	0.0454	-0.0684	0.0411	0.0172	-0.0005	0.111	-0.0046	0.0525	12.199	64.35	7.845
8	2.4151	-0.5263	-0.8531	2.6419	0.0203	3.1378	0.0805	0.1924	-0.1089	-0.2263	-0.0769	0.0335	0.0863	-0.0782	-0.0037	0.0268	0.0008	-0.0115	0.0381	0.0042	0.0159	6.73	49.149	12.637
9	3.0037	0.234	-1.8862	1.8733	-0.2235	2.0935	0.1529	-0.3937	0.2969	0.3165	-0.0757	-0.0837	-0.1101	0.5278	-0.0773	0.0799	-0.0324	-0.0169	0.1728	-0.0124	0.0952	19.019	69.124	16.014

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	23 - 122
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	123 - 215
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	216 - 350
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	24 - 143
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	144 - 215
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	216 - 350
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	24 - 143
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	144 - 215
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	216 - 350

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)