PDB-2yjk: Structure of Dps from MICROBACTERIUM ARBORESCENS in the high iron form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2yjk

タイトル

Structure of Dps from MICROBACTERIUM ARBORESCENS in the high iron form

要素

AFP

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / METAL-BINDING PROTEIN / IRON UPTAKE / FERRITIN FOLD

機能・相同性

機能・相同性情報

ferric iron binding
類似検索 - 分子機能

生物種

MICROBACTERIUM ARBORESCENS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Zeth, K. / Buecheler, R. / Boland, W.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structure and Mechanism of Iron Translocation by a Dps Protein from Microbacterium Arborescens.
著者: Pesek, J. / Buecheler, R. / Albrecht, R. / Boland, W. / Zeth, K.

履歴

登録	2011年5月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年10月12日	Group: Database references / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2yjk.cif.gz	684.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2yjk.ent.gz	568.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2yjk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2yjk_validation.pdf.gz	534 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2yjk_full_validation.pdf.gz	565.3 KB	表示
XML形式データ	2yjk_validation.xml.gz	71.4 KB	表示
CIF形式データ	2yjk_validation.cif.gz	99.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/2yjk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/2yjk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2yjjC 1o9rS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1veq-d 1uvh-1 2yjj-d 3ge4-d 1o9r-1 2d5k-1 1vel-1 10161 6gcm-1 1jig-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (3) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: AFP

B: AFP

C: AFP

D: AFP

E: AFP

F: AFP

G: AFP

H: AFP

I: AFP

J: AFP

K: AFP

L: AFP

ヘテロ分子

209 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.580, 92.050, 128.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.04, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H
9	1	I
10	1	J
11	1	K
12	1	L

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	10 - 160
2	1	1	4	B	10 - 160
3	1	1	4	C	10 - 160
4	1	1	4	D	10 - 160
5	1	1	4	E	10 - 160
6	1	1	4	F	10 - 160
7	1	1	4	G	10 - 160
8	1	1	4	H	10 - 160
9	1	1	4	I	10 - 160
10	1	1	4	J	10 - 160
11	1	1	4	K	10 - 160
12	1	1	4	L	10 - 160

#1: タンパク質	AFP / DPS 分子量: 17284.432 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) MICROBACTERIUM ARBORESCENS (バクテリア) 参照: UniProt: Q1X6M4
#2: 化合物	ChemComp-OFE / Iron(II) oxide / ferrous oxide / 一酸化鉄分子量: 71.844 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: FeO
#3: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 705 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.2 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 詳細: 18% PEG 8000, 2% ISO-PROPANOL, 0.1 M NA-ACETATE, PH 7.5.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→30 Å / Num. obs: 129605 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 2.05 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 7.3
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.88 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1O9R

1o9r

解像度: 2→28.98 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 8.706 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2165	6821	5 %	RANDOM
R_work	0.16992	-	-	-
obs	0.17227	129604	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.239 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.95 Å²	0 Å²	-0.8 Å²
2-	-	0.89 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→28.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13726	0	28	705	14459

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.025	0.022	13994
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.821	1.936	19111
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.557	5	1821
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.545	25.605	628
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.151	15	2228
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.309	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.138	0.2	2308
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	10548
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.168	1.5	9080
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.159	2	14533
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.721	3	4914
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.166	4.5	4571
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1100 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	medium positional	0.36	0.5
2	B	medium positional	0.22	0.5
3	C	medium positional	0.23	0.5
4	D	medium positional	0.19	0.5
5	E	medium positional	0.33	0.5
6	F	medium positional	0.36	0.5
7	G	medium positional	0.3	0.5
8	H	medium positional	0.24	0.5
9	I	medium positional	0.18	0.5
10	J	medium positional	0.27	0.5
11	K	medium positional	0.29	0.5
12	L	medium positional	0.27	0.5
1	A	medium thermal	1.26	2
2	B	medium thermal	1.23	2
3	C	medium thermal	1.35	2
4	D	medium thermal	1.29	2
5	E	medium thermal	1.23	2
6	F	medium thermal	1.67	2
7	G	medium thermal	1.56	2
8	H	medium thermal	1.68	2
9	I	medium thermal	1.32	2
10	J	medium thermal	1.36	2
11	K	medium thermal	1.17	2
12	L	medium thermal	1.19	2

LS精密化シェル

解像度: 1.998→2.05 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.309	479	-
R_work	0.276	9110	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0688	0.1263	-0.2205	1.2374	0.165	0.4726	-0.0216	0.1919	0.0512	-0.0321	-0.0298	-0.0287	-0.0972	-0.0166	0.0514	0.0964	0.0092	-0.0201	0.1439	0.0257	0.0262	10.358	3.7507	2.9134
2	0.7098	0.0284	-0.0526	1.4764	-0.1184	0.7284	0.0036	0.1	0.0196	-0.0153	-0.0194	0.0872	-0.062	-0.0979	0.0158	0.032	0.0164	-0.0044	0.1106	-0.0266	0.043	-8.3684	-1.8379	15.0941
3	1.3063	0.0241	0.3021	0.5342	0.0703	1.1055	-0.0793	0.1365	0.1828	-0.0476	-0.0265	-0.0385	-0.1443	0.0522	0.1058	0.2059	0.0097	-0.0564	0.041	0.06	0.1393	17.2327	28.6702	21.5173
4	1.1654	-0.1886	0.2261	0.4016	0.0143	1.2178	0.0417	0.029	-0.1544	0.0216	-0.0312	0.0622	0.0391	-0.1055	-0.0105	0.0683	-0.0132	-0.0014	0.0347	-0.0377	0.1243	5.0697	-27.8019	26.2796
5	0.9102	-0.1711	0.4998	1.162	-0.1261	0.7771	-0.0276	0.2589	0.1138	-0.1136	-0.0202	0.0312	-0.0864	0.0668	0.0478	0.0813	-0.0248	0.0218	0.1512	0.0633	0.0713	39.6256	8.5351	14.1301
6	1.1184	0.0731	0.4864	1.0107	-0.1449	1.2012	0.01	0.0874	-0.0566	-0.0392	-0.0061	-0.0106	-0.0021	0.0635	-0.0039	0.032	0.0093	0.044	0.091	-0.0035	0.0709	41.7097	-13.1876	20.7625
7	0.8989	-0.1303	-0.0223	1.2479	0.2343	0.6666	-0.0212	-0.1294	0.049	-0.0044	-0.0544	0.0622	-0.0646	-0.0543	0.0756	0.0706	-0.0043	-0.0078	0.0629	-0.0211	0.0186	23.8831	3.4395	62.7274
8	1.0104	-0.2505	-0.0373	1.3737	0.3967	1.0117	0.0101	-0.052	-0.055	0.0163	-0.0137	-0.0282	0.0359	0.0638	0.0036	0.0169	-0.0009	-0.0089	0.0329	0.0202	0.0222	40.9379	-6.0671	51.0622
9	1.207	0.0076	0.1135	0.3978	-0.1582	1.341	-0.0761	-0.0323	0.2087	0.0098	-0.0321	0.0341	-0.1786	-0.0445	0.1082	0.1798	0.017	-0.0483	0.0066	-0.0197	0.1353	22.4593	28.3857	43.7271
10	1.441	0.0745	0.2087	0.2694	0.0227	1.0896	0.0308	0.0458	-0.1514	0.024	-0.0122	-0.0241	0.0868	0.0056	-0.0186	0.0835	-0.0034	-0.0059	0.0038	0.0088	0.1276	22.7924	-29.3318	40.5757
11	1.159	0.2536	0.6768	1.206	0.0788	1.0342	-0.067	-0.1941	0.1001	0.0715	0.0046	-0.0206	-0.1121	-0.1473	0.0624	0.0841	0.052	0.0258	0.1223	-0.0738	0.1057	-4.2276	12.7411	51.878
12	0.799	0.0616	0.6741	0.7574	0.1764	1.2367	-0.002	-0.0368	-0.0175	0.0586	-0.0076	-0.0008	-0.0093	-0.1286	0.0096	0.0304	-0.0073	0.0418	0.132	-0.0184	0.0721	-10.314	-8.316	45.3297

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	10 - 158
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	7 - 158
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 158
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	7 - 158
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	7 - 158
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	7 - 158
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	6 - 158
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	7 - 158
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	11 - 158
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	11 - 158
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	7 - 158
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	7 - 158

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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