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万見
- PDB-2yix: Triazolopyridine Inhibitors of p38 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yix
タイトルTriazolopyridine Inhibitors of p38
要素MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE 14
キーワードTRANSFERASE / PHOSPHORYLATION / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cyclase activity / stress-activated protein kinase signaling cascade / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / CD163 mediating an anti-inflammatory response / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / cartilage condensation ...positive regulation of cyclase activity / stress-activated protein kinase signaling cascade / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / CD163 mediating an anti-inflammatory response / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / cartilage condensation / positive regulation of myoblast fusion / cellular response to UV-B / Platelet sensitization by LDL / mitogen-activated protein kinase p38 binding / positive regulation of muscle cell differentiation / positive regulation of myotube differentiation / NFAT protein binding / Myogenesis / glucose import / Activation of the AP-1 family of transcription factors / negative regulation of hippo signaling / ERK/MAPK targets / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / p38MAPK cascade / fatty acid oxidation / cellular response to lipoteichoic acid / MAP kinase kinase activity / response to muramyl dipeptide / response to dietary excess / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / MAP kinase activity / regulation of ossification / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / mitogen-activated protein kinase / signal transduction in response to DNA damage / positive regulation of myoblast differentiation / chondrocyte differentiation / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / stress-activated MAPK cascade / skeletal muscle tissue development / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / p38MAPK events / striated muscle cell differentiation / response to muscle stretch / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of brown fat cell differentiation / osteoclast differentiation / positive regulation of erythrocyte differentiation / DNA damage checkpoint signaling / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / positive regulation of glucose import / stem cell differentiation / cellular response to ionizing radiation / NOD1/2 Signaling Pathway / response to insulin / bone development / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell morphogenesis / placenta development / platelet activation / cellular response to virus / spindle pole / VEGFA-VEGFR2 Pathway / positive regulation of protein import into nucleus / osteoblast differentiation / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / glucose metabolic process / chemotaxis / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / cellular senescence / cellular response to tumor necrosis factor / peptidyl-serine phosphorylation / cellular response to lipopolysaccharide / protein phosphatase binding / angiogenesis / secretory granule lumen / Oxidative Stress Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / ficolin-1-rich granule lumen / transcription by RNA polymerase II / cell surface receptor signaling pathway / intracellular signal transduction / nuclear speck / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / glutamatergic synapse / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / apoptotic process / regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / : / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain ...Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / : / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-YIX / Mitogen-activated protein kinase 14
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / OTHER / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Millan, D.S. / Anderson, M. / Bunnage, M.E. / Burrows, J.L. / Butcher, K.J. / Dodd, P.G. / Evans, T.J. / Fairman, D.A. / Han, s. / Hughes, S.J. ...Millan, D.S. / Anderson, M. / Bunnage, M.E. / Burrows, J.L. / Butcher, K.J. / Dodd, P.G. / Evans, T.J. / Fairman, D.A. / Han, s. / Hughes, S.J. / Irving, S.L. / Kilty, I.C. / Lemaitre, A. / Lewthawaite, R.A. / Mahke, A. / Marr, E. / Mathias, J.P. / Philip, J. / Phillips, C. / Smith, R.T. / Stefaniak, M.H. / Yeadon, M.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2011
タイトル: Design and Synthesis of Inhaled P38 Inhibitors for the Treatment of Chronic Obstructive Pulmonary Disease.
著者: Millan, D.S. / Bunnage, M.E. / Burrows, J.L. / Butcher, K.J. / Dodd, P.G. / Evans, T.J. / Fairman, D.A. / Hughes, S.J. / Kilty, I.C. / Lemaitre, A. / Lewthwaite, R.A. / Mahnke, A. / Mathias, ...著者: Millan, D.S. / Bunnage, M.E. / Burrows, J.L. / Butcher, K.J. / Dodd, P.G. / Evans, T.J. / Fairman, D.A. / Hughes, S.J. / Kilty, I.C. / Lemaitre, A. / Lewthwaite, R.A. / Mahnke, A. / Mathias, J.P. / Philip, J. / Smith, R.T. / Stefaniak, M.H. / Yeadon, M. / Phillips, C.
履歴
登録2011年5月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6332
ポリマ－40,2631
非ポリマー3691
水4,918273
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.944, 86.523, 122.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE 14 / P38 KINASE / MAP KINASE 14 / MAPK 14 / CYTOKINE SUPPRESSIVE ANTI-INFLAMMATORY DRUG-BINDING PROTEIN ...P38 KINASE / MAP KINASE 14 / MAPK 14 / CYTOKINE SUPPRESSIVE ANTI-INFLAMMATORY DRUG-BINDING PROTEIN / CSAID-BINDING PROTEIN / CSBP / MAP KINASE MXI2 / MAX-INTERACTING PROTEIN 2 / MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE P38 ALPHA / MAP KINASE P38 ALPHA / SAPK2A


分子量: 40263.047 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 4-354 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16539, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-YIX / 1-ethyl-3-(2-{[3-(1-methylethyl)[1,2,4]triazolo[4,3-a]pyridin-6-yl]sulfanyl}benzyl)urea / CE-159167


分子量: 369.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H23N5OS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.35 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→25 Å / Num. obs: 21609 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 44.05 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12

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解析

ソフトウェア名称: BUSTER / バージョン: 2.9.6 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.3→24.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9332 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9018 / SU R Cruickshank DPI: 0.264 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.295 / SU Rfree Blow DPI: 0.226 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.219
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2472 1106 5.12 %RANDOM
Rwork0.1932 ---
obs0.1959 21609 96.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 37.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.8458 Å20 Å20 Å2
2--3.3912 Å20 Å2
3----8.237 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.284 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→24.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2834 0 26 273 3133
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012926HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.133974HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1012SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes81HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes421HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2926HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.97
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.56
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion377SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3414SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.41 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2899 144 5.39 %
Rwork0.245 2527 -
all0.2474 2671 -
obs--96.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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