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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2yil | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Parasite Sarcocystis muris Lectin SML-2 | ||||||
要素 | MICRONEME ANTIGEN L2 | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / APPLE-DOMAIN TANDEM REPEAT / PAN_AP / PAN_1 / GALACTOSE-BINDING LECTIN / CELLULAR ADHESION / MICRONEMAL PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 microneme / cytoplasmic vesicle / carbohydrate binding / cell adhesion / proteolysis / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | SARCOCYSTIS MURIS (はつかねずみ肉胞子虫) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Mueller, J.J. / Weiss, M.S. / Heinemann, U. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011 タイトル: Pan-Modular Structure of Microneme Protein Sml-2 from Parasite Sarcocystis Muris at 1.95 A Resolution and its Complex with 1-Thio-Beta-D-Galactose. 著者: Mueller, J.J. / Weiss, M.S. / Heinemann, U. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2yil.cif.gz | 168.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2yil.ent.gz | 142.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2yil.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2yil_validation.pdf.gz | 495 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2yil_full_validation.pdf.gz | 502.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2yil_validation.xml.gz | 38.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2yil_validation.cif.gz | 54.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yi/2yil ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yi/2yil | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15094.004 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 詳細: CYST MEROZOITES OF SARCOCYSTIS MURIS FROM SKELETAL MOUSE MUSCLES. 由来: (天然) SARCOCYSTIS MURIS (はつかねずみ肉胞子虫) 参照: UniProt: P81860 #2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.8 % / 解説: SULFUR SAD |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. TEMPERATURE 291K. PROTEIN SOLUTION:50 MM TRIS-HCL, 150 MM NACL, PH 8.3, 12 MG/ML SML-2. RESERVOIR: 0.1 M HEPES, PH 7.5, 0.1 M NACL, 1.7 M AMMONIUM SULFATE, 15% ...詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. TEMPERATURE 291K. PROTEIN SOLUTION:50 MM TRIS-HCL, 150 MM NACL, PH 8.3, 12 MG/ML SML-2. RESERVOIR: 0.1 M HEPES, PH 7.5, 0.1 M NACL, 1.7 M AMMONIUM SULFATE, 15% GLYCEROL. DROPLET: 1 MICROLITER PROTEIN SOLUTION: 1 MICROLITER RESERVOIR SOLUTION. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月11日 / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→35 Å / Num. obs: 79584 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 30.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 23.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 96.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 開始モデル: NONE 解像度: 1.95→33.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 2.495 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.297 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→33.44 Å
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拘束条件 |
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