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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2yii | |||||||||
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タイトル | Manipulating the regioselectivity of phenylalanine aminomutase: new insights into the reaction mechanism of MIO-dependent enzymes from structure-guided directed evolution | |||||||||
![]() | PHENYLALANINE AMMONIA-LYASE | |||||||||
![]() | LYASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() phenylalanine aminomutase (L-beta-phenylalanine forming) / intramolecular aminotransferase activity / paclitaxel biosynthetic process / phenylalanine ammonia-lyase / L-phenylalanine metabolic process / cinnamic acid biosynthetic process / alkaloid biosynthetic process / phenylalanine ammonia-lyase activity / L-phenylalanine catabolic process / protein homotetramerization / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Wu, B. / Szymanski, W. / Wybenga, G.G. / Heberling, M.M. / Bartsch, S. / Wildeman, S. / Poelarends, G.J. / Feringa, B.L. / Dijkstra, B.W. / Janssen, D.B. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Mechanism-Inspired Engineering of Phenylalanine Aminomutase for Enhanced Beta-Regioselective Asymmetric Amination of Cinnamates. 著者: Wu, B. / Szymanski, W. / Wybenga, G.G. / Heberling, M.M. / Bartsch, S. / De Wildeman, S. / Poelarends, G.J. / Feringa, B.L. / Dijkstra, B.W. / Janssen, D.B. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 505.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 415.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 511.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 535.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 92.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 131.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 77553.633 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: THIOESTER BOND BETWEEN THE MDO PROSTHETIC GROUP AND A MOLECULE OF BETA-MERCAPTOETHANOL, DISULFIDE BRIDGE BETWEEN RESIDUE C89 AND A BETA-MERCAPTOETHANOL MOLECULE, COVALENT BOND BETWEEN MDO 175 AND RESIDUE D178 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PBAD / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q68G84, EC: 5.4.3.-, phenylalanine ammonia-lyase #2: 化合物 | ChemComp-BME / #3: 化合物 | ChemComp-FMT / #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.55 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 4% TACSIMATE PH 6.0, 12% W/V PEG 3350. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9334 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.18→48.67 Å / Num. obs: 142853 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 29.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 |
反射 シェル | 解像度: 2.18→2.3 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 93.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRIES 1W27 AND 1Y2M 解像度: 2.18→98.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 5.134 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.254 / ESU R Free: 0.188 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.037 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.18→98.31 Å
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拘束条件 |
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