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- PDB-2yhi: Trypanosoma brucei PTR1 in complex with inhibitor WH16 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yhi
タイトルTrypanosoma brucei PTR1 in complex with inhibitor WH16
要素(PTERIDINE REDUCTASE, ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / SHORT CHAIN DEHYDROGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


pteridine reductase / pteridine reductase activity / oxidoreductase activity / nucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pteridine reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / (2R,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL / (2S,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 5-(2-CHLOROETHYL)-1,3,4-THIADIAZOL-2-AMINE / Pteridine reductase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種TRYPANOSOMA BRUCEI (トリパノソーマ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Nerini, E. / Dawson, A. / Hunter, W.N. / Costi, M.P.
引用ジャーナル: ACS Omega / 年: 2017
タイトル: Exploiting the 2-Amino-1,3,4-thiadiazole Scaffold To Inhibit Trypanosoma brucei Pteridine Reductase in Support of Early-Stage Drug Discovery.
著者: Linciano, P. / Dawson, A. / Pohner, I. / Costa, D.M. / Sa, M.S. / Cordeiro-da-Silva, A. / Luciani, R. / Gul, S. / Witt, G. / Ellinger, B. / Kuzikov, M. / Gribbon, P. / Reinshagen, J. / Wolf, ...著者: Linciano, P. / Dawson, A. / Pohner, I. / Costa, D.M. / Sa, M.S. / Cordeiro-da-Silva, A. / Luciani, R. / Gul, S. / Witt, G. / Ellinger, B. / Kuzikov, M. / Gribbon, P. / Reinshagen, J. / Wolf, M. / Behrens, B. / Hannaert, V. / Michels, P.A.M. / Nerini, E. / Pozzi, C. / di Pisa, F. / Landi, G. / Santarem, N. / Ferrari, S. / Saxena, P. / Lazzari, S. / Cannazza, G. / Freitas-Junior, L.H. / Moraes, C.B. / Pascoalino, B.S. / Alcantara, L.M. / Bertolacini, C.P. / Fontana, V. / Wittig, U. / Muller, W. / Wade, R.C. / Hunter, W.N. / Mangani, S. / Costantino, L. / Costi, M.P.
履歴
登録2011年5月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation.country ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22017年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PTERIDINE REDUCTASE, PUTATIVE
B: PTERIDINE REDUCTASE, PUTATIVE
C: PTERIDINE REDUCTASE, PUTATIVE
D: PTERIDINE REDUCTASE, PUTATIVE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,07418
ポリマ－122,7114
非ポリマー4,36314
水9,656536
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21870 Å2
ΔGint-153.8 kcal/mol
Surface area31410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.280, 90.740, 84.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.66, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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PTERIDINE REDUCTASE, ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 PTERIDINE REDUCTASE, PUTATIVE / PTR1


分子量: 30685.787 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CYS 59 OXIDIZED TO S-OXY CYSTEINE
由来: (組換発現) TRYPANOSOMA BRUCEI (トリパノソーマ)
プラスミド: PET15B_TBPTR1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q581W1, pteridine reductase
#2: タンパク質 PTERIDINE REDUCTASE, PUTATIVE / PTR1


分子量: 30669.791 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) TRYPANOSOMA BRUCEI (トリパノソーマ)
プラスミド: PET15B_TBPTR1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q581W1, pteridine reductase

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非ポリマー , 7種, 550分子

#3: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 化合物
ChemComp-W16 / 5-(2-CHLOROETHYL)-1,3,4-THIADIAZOL-2-AMINE


分子量: 163.629 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6ClN3S
#5: 化合物 ChemComp-DTV / (2S,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL / D-DTT


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 化合物 ChemComp-DTU / (2R,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL / ジチオエリトリト-ル


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#8: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT


分子量: 154.251 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 536 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細N TERMINAL TAG SEQUENCE INCLUDED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.2 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: RESERVOIR CONDITIONS: 100 MM SODIUM CITRATE PH 5, 1.8 M SODIUM ACETATE.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月4日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→31.41 Å / Num. obs: 87904 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 20.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 88.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2X9G

2x9g


解像度: 1.8→31.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 2.576 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20716 4413 5 %RANDOM
Rwork0.17864 ---
obs0.18009 83470 94.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.83 Å20 Å2-0.36 Å2
2--2.12 Å20 Å2
3----1.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→31.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7418 0 268 536 8222
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0227872
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.172.00410698
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3175984
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.41524.397307
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.71151259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4771548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.21292
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215752
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4551.54969
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.87427963
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.332903
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0954.52733
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 301 -
Rwork0.308 5663 -
obs--87.09 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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