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万見
- PDB-2yhf: 1.9 Angstrom Crystal Structure of CLEC5A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yhf
タイトル1.9 Angstrom Crystal Structure of CLEC5A
要素C-TYPE LECTIN DOMAIN FAMILY 5 MEMBER A
キーワードIMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of myeloid cell apoptotic process / myeloid cell differentiation / osteoblast development / tertiary granule membrane / cellular defense response / specific granule membrane / DAP12 interactions / positive regulation of cytokine production / virus receptor activity / carbohydrate binding ...negative regulation of myeloid cell apoptotic process / myeloid cell differentiation / osteoblast development / tertiary granule membrane / cellular defense response / specific granule membrane / DAP12 interactions / positive regulation of cytokine production / virus receptor activity / carbohydrate binding / innate immune response / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / cell surface / signal transduction / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Natural killer cell receptor-like, C-type lectin-like domain / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold ...: / Natural killer cell receptor-like, C-type lectin-like domain / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C-type lectin domain family 5 member A
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Watson, A.A. / Lebedev, A.A. / Murshudov, G.M. / Vagin, A.A. / Hall, B.A. / O'Callaghan, C.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structural Flexibility of the Macrophage Dengue Virus Receptor Clec5A: Implications for Ligand Binding and Signaling.
著者: Watson, A.A. / Lebedev, A.A. / Hall, B.A. / Fenton-May, A.E. / Vagin, A.A. / Dejnirattisai, W. / Felce, J. / Mongkolsapaya, J. / Palma, A.S. / Liu, Y. / Feizi, T. / Screaton, G.R. / ...著者: Watson, A.A. / Lebedev, A.A. / Hall, B.A. / Fenton-May, A.E. / Vagin, A.A. / Dejnirattisai, W. / Felce, J. / Mongkolsapaya, J. / Palma, A.S. / Liu, Y. / Feizi, T. / Screaton, G.R. / Murshudov, G.N. / O'Callaghan, C.A.
履歴
登録2011年4月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-TYPE LECTIN DOMAIN FAMILY 5 MEMBER A
B: C-TYPE LECTIN DOMAIN FAMILY 5 MEMBER A
C: C-TYPE LECTIN DOMAIN FAMILY 5 MEMBER A
D: C-TYPE LECTIN DOMAIN FAMILY 5 MEMBER A
E: C-TYPE LECTIN DOMAIN FAMILY 5 MEMBER A
F: C-TYPE LECTIN DOMAIN FAMILY 5 MEMBER A
G: C-TYPE LECTIN DOMAIN FAMILY 5 MEMBER A
H: C-TYPE LECTIN DOMAIN FAMILY 5 MEMBER A
I: C-TYPE LECTIN DOMAIN FAMILY 5 MEMBER A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,5029
ポリマ－124,5029
非ポリマー00
水16,934940
1
A: C-TYPE LECTIN DOMAIN FAMILY 5 MEMBER A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8341
ポリマ－13,8341
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: C-TYPE LECTIN DOMAIN FAMILY 5 MEMBER A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8341
ポリマ－13,8341
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: C-TYPE LECTIN DOMAIN FAMILY 5 MEMBER A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8341
ポリマ－13,8341
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: C-TYPE LECTIN DOMAIN FAMILY 5 MEMBER A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8341
ポリマ－13,8341
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: C-TYPE LECTIN DOMAIN FAMILY 5 MEMBER A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8341
ポリマ－13,8341
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: C-TYPE LECTIN DOMAIN FAMILY 5 MEMBER A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8341
ポリマ－13,8341
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: C-TYPE LECTIN DOMAIN FAMILY 5 MEMBER A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8341
ポリマ－13,8341
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: C-TYPE LECTIN DOMAIN FAMILY 5 MEMBER A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8341
ポリマ－13,8341
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
9
I: C-TYPE LECTIN DOMAIN FAMILY 5 MEMBER A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8341
ポリマ－13,8341
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.109, 109.109, 84.879
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

-
要素

#1: タンパク質
C-TYPE LECTIN DOMAIN FAMILY 5 MEMBER A / C-TYPE LECTIN SUPERFAMILY MEMBER 5 / MYELOID DAP12-ASSOCIATING LECTIN 1 / MDL-1 / CL3


分子量: 13833.537 Da / 分子数: 9 / 断片: RESIDUES 70-187 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: PERIPHERAL BLOOD MONONUCLEAR CELLS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: Q9NY25
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 940 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, VAL 70 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, VAL 70 TO MET ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, VAL 70 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, VAL 70 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, VAL 70 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, VAL 70 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, VAL 70 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, VAL 70 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN G, VAL 70 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN H, VAL 70 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN I, VAL 70 TO MET
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.56 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8 / 詳細: 100MM TRIS PH8.0, 30% PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 1.117
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月2日 / 詳細: RH COATED COLLIMATING MIRROR
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(III) MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.117 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 88632 / % possible obs: 87.1 % / Observed criterion σ(I): 0.01 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 0 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 1.62 / % possible all: 76.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
BALBES位相決定
MOLREP位相決定
REFMAC5.3.0002精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1K9J, 3BDW, 1E87, 2IT5, 3BC6.

1k9j

3bdw

1e87

2it5

3bc6
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.9→94.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 4.746 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.232 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26727 3883 5 %RANDOM
Rwork0.2164 ---
obs0.219 73334 87.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.408 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.66 Å20.33 Å20 Å2
2--0.66 Å20 Å2
3----0.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→94.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8748 0 0 940 9688
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0228982
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9471.91112132
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.251053
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.00124.074486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.182151557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9231563
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.21242
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.026948
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.180.23922
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.26140
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1180.2798
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1640.2124
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1410.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.441.55489
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.76928514
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.94934146
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.5154.53618
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.903→1.953 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 247 -
Rwork0.313 4755 -
obs--76.4 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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