PDB-2ygq: WIF domain-epidermal growth factor (EGF)-like domains 1-3 of huma...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ygq

タイトル

WIF domain-epidermal growth factor (EGF)-like domains 1-3 of human Wnt inhibitory factor 1 in complex with 1,2- dipalmitoylphosphatidylcholine

要素

WNT INHIBITORY FACTOR 1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / WNT SIGNALING PATHWAY / WNT ANTAGONIST / MORPHOGEN / CANCER / GLYCOSAMINOGLYCAN

機能・相同性

機能・相同性情報

Negative regulation of TCF-dependent signaling by WNT ligand antagonists / Wnt-protein binding / negative regulation of Wnt signaling pathway / positive regulation of fat cell differentiation / TCF dependent signaling in response to WNT / Wnt signaling pathway / signaling receptor binding / cell surface / signal transduction / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.951 Å

データ登録者

Malinauskas, T. / Aricescu, A.R. / Lu, W. / Siebold, C. / Jones, E.Y.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Modular Mechanism of Wnt Signaling Inhibition by Wnt Inhibitory Factor 1
著者: Malinauskas, T. / Aricescu, A.R. / Lu, W. / Siebold, C. / Jones, E.Y.

履歴

登録	2011年4月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年8月17日	Group: Database references
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_asym.entity_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ygq.cif.gz	122.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ygq.ent.gz	93 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ygq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ygq_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ygq_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	2ygq_validation.xml.gz	14.3 KB	表示
CIF形式データ	2ygq_validation.cif.gz	17.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yg/2ygq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yg/2ygq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ygnC 2ygoC 2ygpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5dye-d 4exk-1 2nox-4 3bk9-1 2nox-1 2nox-2 3qki-1 1yli-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (2) #223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (2) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: WNT INHIBITORY FACTOR 1

ヘテロ分子

37.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: WNT INHIBITORY FACTOR 1

ヘテロ分子

A: WNT INHIBITORY FACTOR 1

ヘテロ分子

A: WNT INHIBITORY FACTOR 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
113 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	178.007, 178.007, 178.007
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	199
Space group name H-M	I2₁3

#1: タンパク質

WNT INHIBITORY FACTOR 1 / WIF-1

分子量: 35401.625 Da / 分子数: 1 / 断片: WIF DOMAIN-EGF-LIKE DOMAINS 1-5, RESIDUES 35-346 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

HOMO SAPIENS (ヒト)
細胞株 (発現宿主): N-ACETYLGLUCOSAMINYLTRANSFERASE I-NEGATIVE HEK 293S GNTI(-)CELLS
発現宿主:

HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y5W5

#2: 多糖

1,3,4,6-tetra-O-sulfo-beta-D-fructofuranose-(2-1)-2,3,4,6-tetra-O-sulfonato-alpha-D-glucopyranose / sucrose octasulfate

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 982.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose octasulfate

記述子	タイプ	プログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5_1OSO/3=O/3=O_3OSO/3=O/3=O_4OSO/3=O/3=O_6OSO/3=O/3=O][a2122h-1a_1-5_2OSO/3=O/3=O_3OSO/3=O/3=O_4OSO/3=O/3=O_6OSO/3=O/3=O]/1-2/a2-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf1SO33SO34SO36SO3]{[(2+1)][a-D-Glcp2SO33SO34SO36SO3]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-PCF / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSHOCHOLINE

分子量: 734.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₀H₈₀NO₈P

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#5: 糖

ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / alpha-L-fucose / 6-deoxy-alpha-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / α-L-フコピラノ-ス

タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₅

Has protein modification

Y

配列の詳細

ISOFORM Q166K. THE N-TERMINAL THREE AMINO ACID RESIDUES (ETG) AND C-TERMINAL NINE AMINO ACID ...

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 8.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 82 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5.7 詳細: 0.75 M SODIUM SUCCINATE PH 5.7, 35 MG/ML SUCROSE OCTASULFATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.95→40 Å / Num. obs: 8403 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.1 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 27.2
反射シェル	解像度: 3.95→4.09 Å / 冗長度: 10.9 % / R_merge(I) obs: 0.87 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE: 1.7_650)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.951→39.804 Å / SU ML: 0.63 / σ(F): 0 / 位相誤差: 29.84 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3306	382	4.8 %
R_work	0.297	-	-
obs	0.2985	8048	95.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 184.367 Å² / k_sol: 0.31 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.951→39.804 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1826	0	143	0	1969

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	2027
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	2.087	2742
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	28.521	833
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.122	291
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	343

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.9508-4.5218	0.3202	110	0.3165	2415	X-RAY DIFFRACTION	91
4.5218-5.6944	0.281	131	0.2834	2566	X-RAY DIFFRACTION	97
5.6944-39.8056	0.3578	141	0.2975	2685	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 30.9997 Å / Origin y: 4.4045 Å / Origin z: 14.9562 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	1.1011 Å²	0.0253 Å²	0.2386 Å²	-	1.0649 Å²	0.0784 Å²	-	-	1.1069 Å²
L	1.72 °²	-0.767 °²	-0.6516 °²	-	1.9007 °²	-1.1107 °²	-	-	1.8936 °²
S	-0.046 Å °	-0.3552 Å °	-0.261 Å °	0.6898 Å °	0.1429 Å °	0.1029 Å °	-0.2222 Å °	0.3645 Å °	-0.0867 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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