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- PDB-2yfd: STRUCTURAL AND FUNCTIONAL INSIGHTS OF DR2231 PROTEIN, THE MAZG-LI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yfd
タイトルSTRUCTURAL AND FUNCTIONAL INSIGHTS OF DR2231 PROTEIN, THE MAZG-LIKE NUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHOHYDROLASE FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS, COMPLEXED WITH Mg and dUMP
要素MAZG-LIKE NUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHOHYDROLASE
キーワードHYDROLASE / DIMERIC DUTPASE
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside triphosphate diphosphatase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
putative ntp pyrophosphohydrolase like fold / putative ntp pyrophosphohydrolase like domain / NTP pyrophosphohydrolase-like domain superfamily / Phosphoribosyl-ATP pyrophosphohydrolase-like / Phosphoribosyl-ATP pyrophosphohydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / HAD superfamily Cof-like phosphohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.767 Å
データ登録者Goncalves, A.M.D. / De Sanctis, D. / Mcsweeney, S.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structural and Functional Insights Into Dr2231 Protein, the Mazg-Like Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase from Deinococcus Radiodurans.
著者: Goncalves, A.M.D. / Desanctis, D. / Mcsweeney, S.M.
履歴
登録2011年4月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月10日Group: Derived calculations / Non-polymer description ...Derived calculations / Non-polymer description / Other / Version format compliance
改定 1.22011年9月7日Group: Database references
改定 1.32017年1月25日Group: Atomic model / Other
改定 2.02023年12月20日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MAZG-LIKE NUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHOHYDROLASE
B: MAZG-LIKE NUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHOHYDROLASE
C: MAZG-LIKE NUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHOHYDROLASE
D: MAZG-LIKE NUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHOHYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,82915
ポリマ－66,8354
非ポリマー99511
水6,900383
1
C: MAZG-LIKE NUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHOHYDROLASE
D: MAZG-LIKE NUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHOHYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9618
ポリマ－33,4172
非ポリマー5436
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7420 Å2
ΔGint-82.3 kcal/mol
Surface area12240 Å2
手法PISA
2
A: MAZG-LIKE NUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHOHYDROLASE
B: MAZG-LIKE NUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHOHYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8697
ポリマ－33,4172
非ポリマー4515
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7190 Å2
ΔGint-79.7 kcal/mol
Surface area12480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.090, 149.529, 52.376
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.997, 0.075, 0.008), (0.075, -0.997, -0.006), (0.007, 0.006, -1)
ベクター: -3.0219, 78.28975, 26.07409)

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
MAZG-LIKE NUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHOHYDROLASE / DR2231


分子量: 16708.691 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性)
株: R1 / プラスミド: PET151/D-TOPO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9RS96, nucleoside-triphosphate diphosphatase

-
非ポリマー , 6種, 394分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP


分子量: 308.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O8P
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 383 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.18 M LITHIUM ACETATE, 20% (W/V) PEG 3350, 10MM DUTP, 10MM MAGNESIUM CHLORIDE.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9724
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月3日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→49.84 Å / Num. obs: 57356 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 18.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 1.77→1.86 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 75

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2YF9

2yf9


解像度: 1.767→19.934 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.53 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2114 2861 5 %
Rwork0.1843 --
obs0.1857 57235 93.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 32.881 Å2 / ksol: 0.369 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 22.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.3761 Å20 Å20 Å2
2---1.2161 Å20 Å2
3----3.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.767→19.934 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4106 0 60 383 4549
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014318
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0585886
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3781655
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073644
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005798
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7669-1.79740.3721830.36251654X-RAY DIFFRACTION58
1.7974-1.830.34571200.28692134X-RAY DIFFRACTION75
1.83-1.86520.28711340.23652584X-RAY DIFFRACTION89
1.8652-1.90330.25451460.20642716X-RAY DIFFRACTION96
1.9033-1.94460.21281460.19382773X-RAY DIFFRACTION96
1.9446-1.98980.25121430.18612748X-RAY DIFFRACTION97
1.9898-2.03950.2341310.17452806X-RAY DIFFRACTION97
2.0395-2.09460.20231550.16542750X-RAY DIFFRACTION96
2.0946-2.15620.20611510.16172762X-RAY DIFFRACTION98
2.1562-2.22570.19851610.16272808X-RAY DIFFRACTION98
2.2257-2.30510.20441520.16712786X-RAY DIFFRACTION97
2.3051-2.39730.23321540.16892785X-RAY DIFFRACTION97
2.3973-2.50620.21261470.17272805X-RAY DIFFRACTION97
2.5062-2.6380.21951450.17982843X-RAY DIFFRACTION98
2.638-2.80290.19341560.18432816X-RAY DIFFRACTION98
2.8029-3.01860.20121410.17942877X-RAY DIFFRACTION98
3.0186-3.32110.22011500.18262851X-RAY DIFFRACTION97
3.3211-3.79880.17731300.17862896X-RAY DIFFRACTION98
3.7988-4.77520.17311490.16962940X-RAY DIFFRACTION98
4.7752-19.93520.21821670.21093040X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4886-0.5066-0.15270.7535-0.24670.7332-0.179-0.2303-0.09970.20730.06420.05830.24610.076200.16670.03650.00120.17390.03040.154716.545216.279213.1653
20.72060.2166-0.42331.4137-0.99242.0127-0.0679-0.0655-0.06730.14080.0443-0.0005-0.0208-0.0295-0.00020.02340.007-0.02280.07370.00160.042214.787628.02260.0703
30.3292-0.1418-0.03730.813-0.56430.50720.03010.1763-0.2586-0.42770.14390.36560.2654-0.2519-0.0110.1023-0.0307-0.02610.16470.00940.15377.206824.6801-9.4119
40.733-0.2259-0.37261.2805-0.36821.973-0.0559-0.0474-0.0743-0.02020.0102-0.13010.16430.0694-0.0011-0.0210.0227-0.020.05390.02090.082919.134121.94511.3114
50.43320.42150.23580.49630.07020.6736-0.06970.11930.1542-0.27750.05170.0391-0.61980.034-0.00020.3267-0.00170.02450.1350.0250.16614.775963.203813.1218
60.8631-0.16010.41161.874-0.84532.3601-0.04210.00650.0355-0.01510.0347-0.0404-0.1993-0.0329-0.00010.03610.02580.0290.029-0.00430.036714.045951.695426.4375
70.3720.0260.00550.2065-0.22330.2363-0.0009-0.32050.17210.50590.13250.221-0.4674-0.3648-0.00240.21170.07050.04370.16490.0030.14516.047554.199635.6119
80.62110.02330.14691.5348-0.68781.755-0.04810.00110.07020.10560.0083-0.1578-0.37890.0976-0.00150.0709-0.01160.01040.05090.01050.103217.816757.065924.9829
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 7:45)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 46:144)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN B AND RESID 7:28)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN B AND RESID 29:145)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN C AND RESID 7:45)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN C AND RESID 46:143)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN D AND RESID 7:28)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN D AND RESID 29:144)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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