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- PDB-2yfb: X-ray structure of McpS ligand binding domain in complex with suc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yfb
タイトルX-ray structure of McpS ligand binding domain in complex with succinate
要素METHYL-ACCEPTING CHEMOTAXIS TRANSDUCER
キーワードRECEPTOR / CHEMORECEPTOR / SIGNAL TRANSDUCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


chemotaxis / transmembrane signaling receptor activity / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
de novo design (two linked rop proteins) - #210 / Helical bimodular sensor domain / Helical bimodular sensor domain / HBM domain profile. / helical bimodular (HBM) domain / Chemotaxis methyl-accepting receptor / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). ...de novo design (two linked rop proteins) - #210 / Helical bimodular sensor domain / Helical bimodular sensor domain / HBM domain profile. / helical bimodular (HBM) domain / Chemotaxis methyl-accepting receptor / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / de novo design (two linked rop proteins) / HAMP domain / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / SUCCINIC ACID / Methyl-accepting chemotaxis protein McpS
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS PUTIDA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Gavira, J.A. / Pineda-Molina, E. / Krell, T.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Evidence for Chemoreceptors with Bimodular Ligand-Binding Regions Harboring Two Signal-Binding Sites.
著者: Pineda-Molina, E. / Reyes-Darias, J. / Lacal, J. / Ramos, J.L. / Garcia-Ruiz, J.M. / Gavira, J.A. / Krell, T.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2012
タイトル: Crystallization and Crystallographic Analysis of the Ligand-Binding Domain of the Pseudomonas Putida Chemoreceptor Mcps in Complex with Malate and Succinate.
著者: Gavira, J.A. / Lacal, J. / Ramos, J.L. / Garcia-Ruiz, J.M. / Krell, T. / Pineda-Molina, E.
履歴
登録2011年4月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月30日Group: Other
改定 1.22013年7月10日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: METHYL-ACCEPTING CHEMOTAXIS TRANSDUCER
B: METHYL-ACCEPTING CHEMOTAXIS TRANSDUCER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9479
ポリマ－57,3042
非ポリマー6427
水8,971498
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5040 Å2
ΔGint-48.5 kcal/mol
Surface area22300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)226.067, 46.039, 50.823
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.92, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 METHYL-ACCEPTING CHEMOTAXIS TRANSDUCER / MCPS


分子量: 28652.125 Da / 分子数: 2 / 断片: LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 46-283 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS PUTIDA (バクテリア) / 株: KT2440 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q88E10
#2: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 498 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.22 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5
詳細: 20% PEG 4000, 0.25 M (NH4)2SO4 AND 100 MM SODIUM ACETATE, PH 4.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM16 / 波長: 0.97
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 40558 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 27.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 6.97
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.7_650)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2YFA

2yfa


解像度: 1.9→19.911 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2717 1755 4.5 %
Rwork0.2041 --
obs0.2071 38883 93.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 65.677 Å2 / ksol: 0.359 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7791 Å20 Å20.8033 Å2
2--0.2223 Å20 Å2
3----1.0014 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.911 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3665 0 39 498 4202
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073874
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9425250
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.0881528
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061598
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004706
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.95140.34991180.272490X-RAY DIFFRACTION82
1.9514-2.00870.32291270.24752739X-RAY DIFFRACTION92
2.0087-2.07350.29111430.22752918X-RAY DIFFRACTION97
2.0735-2.14750.28361390.2092929X-RAY DIFFRACTION97
2.1475-2.23340.28651350.21512911X-RAY DIFFRACTION97
2.2334-2.33490.29551360.21772893X-RAY DIFFRACTION96
2.3349-2.45780.30531340.21432892X-RAY DIFFRACTION96
2.4578-2.61150.30161380.20922875X-RAY DIFFRACTION96
2.6115-2.81260.29031390.20912903X-RAY DIFFRACTION95
2.8126-3.09470.27421330.1982859X-RAY DIFFRACTION94
3.0947-3.54030.25331360.19722869X-RAY DIFFRACTION94
3.5403-4.45220.22621360.16412861X-RAY DIFFRACTION93
4.4522-19.91240.26881410.22262989X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.15850.0882-0.03460.33430.01520.31710.287-0.2439-0.01630.2324-0.3766-0.1945-0.09570.1195-0.03040.2388-0.0892-0.03430.19120.08630.163966.4090.517816.7457
20.41040.04420.22020.8127-0.52870.53970.1182-0.22790.31610.035-0.25670.1077-0.2241-0.0415-0.09250.1779-0.03230.00330.1312-0.02570.12843.98174.46189.6905
30.11770.02890.03330.2790.3740.36880.16140.01780.0888-0.1372-0.05860.26610.0276-0.2932-0.0350.1280.0042-0.01090.32290.07140.336115.2291-5.51875.9147
41.17830.77250.23170.6792-0.00811.0342-0.07870.28120.0017-0.15840.14030.27090.1957-0.21280.00970.1749-0.009-0.00450.28320.03510.22223.1665-2.1419-2.2815
50.26810.4323-0.18051.14110.12890.53170.21050.38680.13230.0134-0.205-0.12280.0096-0.01240.01270.1227-0.01880.00560.13370.09450.137949.56330.97974.3085
60.1775-0.3516-0.08130.35370.22730.09190.20890.23420.0247-0.1687-0.2186-0.10610.05180.0913-0.00820.17140.0490.04610.17750.06720.133968.6067-19.699610.717
71.1-0.3473-0.320.58-0.27060.2034-0.01360.0038-0.1728-0.01660.00280.1310.0428-0.0425-0.03260.1846-0.0364-0.00280.1521-0.00820.170534.3384-19.352616.3905
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 43:99)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 100:157)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 158:191)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 192:223)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 224:277)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESSEQ 40:99)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESSEQ 100:277)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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