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- PDB-2yf3: Crystal structure of DR2231, the MazG-like protein from Deinococc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yf3
タイトルCrystal structure of DR2231, the MazG-like protein from Deinococcus radiodurans, complex with manganese
要素MAZG-LIKE NUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHOHYDROLASE
キーワードHYDROLASE / DIMERIC DUTPASE
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside triphosphate diphosphatase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
putative ntp pyrophosphohydrolase like fold / putative ntp pyrophosphohydrolase like domain / NTP pyrophosphohydrolase-like domain superfamily / Phosphoribosyl-ATP pyrophosphohydrolase-like / Phosphoribosyl-ATP pyrophosphohydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / HAD superfamily Cof-like phosphohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Goncalves, A.M.D. / deSanctis, D. / McSweeney, S.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structural and Functional Insights Into Dr2231 Protein, the Mazg-Like Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase from Deinococcus Radiodurans.
著者: Goncalves, A.M.D. / Desanctis, D. / Mcsweeney, S.M.
履歴
登録2011年4月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月7日Group: Database references / Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年7月5日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02023年12月20日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MAZG-LIKE NUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHOHYDROLASE
B: MAZG-LIKE NUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHOHYDROLASE
C: MAZG-LIKE NUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHOHYDROLASE
D: MAZG-LIKE NUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHOHYDROLASE
E: MAZG-LIKE NUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHOHYDROLASE
F: MAZG-LIKE NUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHOHYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,96461
ポリマ－100,2526
非ポリマー4,71255
水14,394799
1
A: MAZG-LIKE NUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHOHYDROLASE
B: MAZG-LIKE NUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHOHYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,98720
ポリマ－33,4172
非ポリマー1,57018
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9060 Å2
ΔGint-131.7 kcal/mol
Surface area16690 Å2
手法PISA
2
C: MAZG-LIKE NUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHOHYDROLASE
D: MAZG-LIKE NUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHOHYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,40725
ポリマ－33,4172
非ポリマー1,98923
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8950 Å2
ΔGint-108.5 kcal/mol
Surface area17480 Å2
手法PISA
3
E: MAZG-LIKE NUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHOHYDROLASE
F: MAZG-LIKE NUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHOHYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,57016
ポリマ－33,4172
非ポリマー1,15314
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7830 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area16890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.109, 111.402, 166.539
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
MAZG-LIKE NUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHOHYDROLASE


分子量: 16708.691 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性)
株: R1 / プラスミド: PET151/D-TOPO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9RS96, nucleoside-triphosphate diphosphatase
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 799 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.03 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.01M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.05M SODIUM CACODYLATE, PH 6.0, 1M LITHIUM SULFATE. OVERNIGHT SOAK IN 250MM LITHIUM SULFATE / 750MM MANGANESE SULFATE.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月9日 / 詳細: PT COATED MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 86122 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 19.167 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2YEU

2yeu


解像度: 2→43.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 7.522 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23834 4239 4.9 %RANDOM
Rwork0.19144 ---
obs0.19374 81820 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.643 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.96 Å20 Å20 Å2
2--0.94 Å20 Å2
3----1.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→43.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6936 0 261 799 7996
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0227299
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5252.0079905
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.075898
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.75123.294340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.326151094
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2411578
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.21099
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0225588
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8171.54555
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4127278
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.50732744
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8854.52627
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 310 -
Rwork0.214 5954 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6133-0.1052-0.24970.58670.35282.2902-0.00660.024-0.1229-0.0065-0.08750.05530.2474-0.25680.09410.0429-0.03890.0050.0951-0.02640.075318.273335.04215.1333
20.7332-0.2591-0.08421.05940.78033.7044-0.0667-0.03610.0335-0.0303-0.13050.17710.0102-0.53290.19720.0231-0.0134-0.00530.1068-0.05060.06415.749839.949813.9508
31.36680.0783-0.34470.8266-0.20061.7933-0.02090.0619-0.1255-0.0098-0.03820.03390.2181-0.08150.05920.0316-0.00640.01650.0112-0.00020.059545.727720.700841.3254
41.1604-0.0033-0.27630.7678-0.09111.4521-0.00930.0402-0.0625-0.0561-0.0583-0.14590.13010.13680.06760.03510.01540.02430.02290.02230.072851.59721.175841.6759
50.53040.0233-0.65840.99860.02883.1516-0.0604-0.0858-0.07330.2659-0.1222-0.06980.18070.40190.18270.133-0.03250.03010.0980.02110.094615.819641.271969.976
60.75510.3964-0.11591.66010.64091.88490.0908-0.1772-0.13510.507-0.21960.05290.39150.08710.12880.1963-0.06180.05920.12330.00980.089711.623637.576868.6662
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-5 - 21
2X-RAY DIFFRACTION1A22 - 144
3X-RAY DIFFRACTION2B-4 - 5
4X-RAY DIFFRACTION2B6 - 147
5X-RAY DIFFRACTION3C-4 - 3
6X-RAY DIFFRACTION3C4 - 148
7X-RAY DIFFRACTION4D-5 - 24
8X-RAY DIFFRACTION4D25 - 147
9X-RAY DIFFRACTION5E-4 - 24
10X-RAY DIFFRACTION5E25 - 148
11X-RAY DIFFRACTION6F-3 - 7
12X-RAY DIFFRACTION6F8 - 144

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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