PDB-2yeu: Structural and functional insights of DR2231 protein, the MazG-li...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2yeu

タイトル

Structural and functional insights of DR2231 protein, the MazG-like nucleoside triphosphate pyrophosphohydrolase from Deinococcus radiodurans, complex with Gd

要素

DR2231

キーワード

HYDROLASE / DIMERIC DUTPASE

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside triphosphate diphosphatase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Goncalves, A.M.D. / de Sanctis, D. / McSweeney, S.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structural and Functional Insights Into Dr2231 Protein, the Mazg-Like Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase from Deinococcus Radiodurans.
著者: Goncalves, A.M.D. / Desanctis, D. / Mcsweeney, S.M.

履歴

登録	2011年3月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年7月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年9月7日	Group: Database references / Non-polymer description / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2yeu.cif.gz	509.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2yeu.ent.gz	453.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2yeu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2yeu_validation.pdf.gz	510.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2yeu_full_validation.pdf.gz	524 KB	表示
XML形式データ	2yeu_validation.xml.gz	43.1 KB	表示
CIF形式データ	2yeu_validation.cif.gz	60.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/2yeu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/2yeu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2yf3C 2yf4C 2yf9C 2yfcC 2yfdC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2yf3-1 2yf3-2 2yf4-2 2yf4-3 2yf4-1 2yf3-3 3udg-1 5oxp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DR2231

B: DR2231

C: DR2231

D: DR2231

E: DR2231

F: DR2231

ヘテロ分子

105 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DR2231

B: DR2231

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: DR2231

D: DR2231

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: DR2231

F: DR2231

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.820, 110.750, 165.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	DR2231 分子量: 16708.691 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性) 株: R1 / プラスミド: PET151/D-TOPO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9RS96, nucleoside-triphosphate diphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-GD / GADOLINIUM ATOM / ガドリニウム分子量: 157.250 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Gd
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 682 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.05 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.01M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.05M SODIUM CACODYLATE PH6.0, 1M LITHIUM SULPHATE.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1.24
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月16日 / 詳細: TOROIDAL FOCUSING MIRROR
放射	モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.24 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→83 Å / Num. obs: 85194 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.1 % / B_iso Wilson estimate: 21.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 13.4
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 8.2 % / R_merge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0102	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHELX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2→92.06 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 6.917 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2315	4090	5 %	RANDOM
R_work	0.18787	-	-	-
obs	0.19008	77944	96.29 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.974 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.07 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.06 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→92.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6814	0	212	682	7708

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.021	7138
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.526	2.004	9692
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.883	5	879
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.83	23.174	334
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.191	15	1085
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.486	15	78
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	1070
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.022	5464
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.815	1.5	4460
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.419	2	7120
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.44	3	2678
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.872	4.5	2572
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.285	264	-
R_work	0.237	5316	-
obs	-	-	89.73 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4129	0.0012	-0.0155	0.477	0.1235	1.0763	0.0061	-0.0034	-0.0733	-0.0057	-0.0325	0.0163	0.082	-0.0521	0.0265	0.0152	-0.0027	0.0069	0.0517	-0.0158	0.0554	18.2812	34.8257	15.1312
2	0.242	-0.1911	-0.3538	0.87	0.5059	1.9706	-0.0276	0.0131	0.0405	-0.0131	-0.0437	0.1223	-0.1045	-0.2416	0.0713	0.0248	0.0079	-0.0154	0.0534	-0.0229	0.0521	16.0385	39.568	13.6972
3	0.8039	0.0297	-0.1621	0.5417	-0.0931	1.2072	0.0052	0.0052	-0.0707	-0.0075	-0.0224	0.0314	0.0959	-0.0723	0.0173	0.0154	0.0002	0.0073	0.0107	0.003	0.0467	45.8862	21.1739	40.7905
4	0.9276	-0.1245	-0.1356	0.6601	0.1187	1.0369	0.0224	0.0154	-0.012	-0.0114	-0.0295	-0.1045	0.033	0.1204	0.0071	0.0111	0.005	0.0058	0.0213	0.0162	0.0428	51.0597	21.516	41.7581
5	0.2842	-0.1363	-0.577	0.7452	0.1317	2.3802	-0.0612	-0.1087	-0.0594	0.2061	-0.0594	-0.0416	0.16	0.2707	0.1206	0.1177	-0.0152	0.0309	0.0844	0.0109	0.0895	14.8928	41.321	70.1561
6	0.5332	0.2031	0.021	1.2888	0.4286	1.2424	0.0446	-0.1521	-0.1339	0.4356	-0.1243	0.0555	0.337	0.0543	0.0797	0.1887	-0.0333	0.0523	0.1024	0.0089	0.0906	11.7269	37.103	68.4118

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-5 - 22
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	23 - 144
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-5 - 28
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	29 - 144
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	-4 - 22
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	23 - 144
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	-5 - 24
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	25 - 144
9	X-RAY DIFFRACTION	5	E	-5 - 8
10	X-RAY DIFFRACTION	5	E	9 - 144
11	X-RAY DIFFRACTION	6	F	-5 - 24
12	X-RAY DIFFRACTION	6	F	25 - 144

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