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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2yes | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Rv0371C complex with Manganese from Mycobacterium Tuberculosis H37Rv | ||||||
![]() | MOCA-RELATED PROTEIN | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cho, H.J. / kang, B.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Rv0371C Complex with Manganese from Mycobacterium Tuberculosis H37Rv 著者: Cho, H.J. / Kang, B.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 155.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 122.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 455.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 457.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2weeS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21158.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SER16-THR21 DISORDERED REGION 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: H37RV / プラスミド: PGST PARALLEL / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.57 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 18% (V/V) PEG 4000, 0.1 M MES (PH 6.0) BY MICROSEEDING |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: BRUKER PROTEUM 300 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 30184 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 31.27 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 3.76 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2WEE 解像度: 1.9→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 4.607 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.031 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 16-21, 76-81 ARE DISORDERED.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.651 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→50.01 Å
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拘束条件 |
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